Trong 4 nhóm vấn đề sửa đổi, bổ sung cơ bản của dự thảo luật có nhóm vấn đề liên quan đến kiện toàn hệ thống tổ chức hải quan.

Theo Luật Hải quan hiện hành, hệ thống tổ chức bộ máy của ngành Hải quan gồm 3 cấp: Tổng cục Hải quan; Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Chi cục Hải quan cửa khẩu, Đội Kiểm soát hải quan và đơn vị tương đương.

Mô hình tổ chức bộ máy hiện hành đang bộc lộ một số hạn chế, khó khăn như: do phạm vi quản lý ở nhiều địa phương bị chia tách theo từng địa bàn hành chính tỉnh, thành phố nên việc đầu tư bị phân tán, dàn trải. Cùng với đó việc bố trí biên chế, lực lượng bị phân tán nên hạn chế về năng lực và thẩm quyền trong một số lĩnh vực nghiệp vụ đòi hỏi sự tập trung chỉ đạo thống nhất, kịp thời trong một số lĩnh vực chuyên sâu như chống buôn lậu, chống ma túy, kiểm tra sau thông quan….

Ngoài ra, việc tổ chức cấp cục hải quan gắn với địa giới hành chính (tỉnh, liên tỉnh) không thực sự bảo đảm tính linh hoạt, chủ động trong việc sắp xếp, tổ chức lại, thành lập các đơn vị hải quan mới (chia tách hoặc sáp nhập) phù hợp với quy mô hoạt động, đặc điểm từng địa bàn, điều kiện kinh tế xã hội, yêu cầu quản lý của hải quan trong những giai đoạn phát triển khác nhau.

Để khắc phục bất cập nêu trên, tại Điều 14 dự thảo Luật (về hệ thống tổ chức hải quan)dự kiến bỏ cụm từ “tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương”. Theo đó, hệ thống tổ chức hải quan gồm: Tổng cục Hải quan; Cục Hải quan; Chi cục Hải quan và đơn vị tương đương.

Theo tờ trình về dự án Luật Hải quan sửa đổi, quy định hệ thống tổ chức của Hải quan theo hướng này sẽ tạo điều kiện để bảo đảm hiệu quả trong việc bố trí nguồn nhân lực, vật lực, phù hợp với yêu cầu quản lý hải quan, khắc phục được những hạn chế đặt ra hiện nay.

Hệ thống tổ chức của Hải quan được xây dựng theo hướng không phụ thuộc vào địa giới hành chính mà phụ thuộc vào yêu cầu công việc, quy mô, tính chất hoạt động xuất nhập khẩu và đặc thù địa bàn, điều kiện kinh tế xã hội. Như vậy cơ bản cục hải quan có tính chất vùng trong địa giới nhiều tỉnh, trường hợp đặc biệt phù hợp yêu cầu nhiệm vụ, thông lệ quốc tế sẽ có 2 Cục Hải quan nằm trong địa giới 1 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Trao đổi về vấn đề này, Phó Chủ tịch Quốc hội Huỳnh Ngọc Sơn tán thành với việc tổ chức cục hải quan mang tính chất khu vực. Còn theo Phó trưởng Ban Kinh tế Trung ương Bùi Văn Thạch, nên giữ cách tổ chức hải quan như hiện nay, ngoài ra chỉ nên chia tách cục hải quan lớn thành hai cục hải quan.

Phó Chủ tịch Quốc hội Uông Chu Lưu cũng đồng tình phương án trong trường hợp đặc biệt nhằm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, sẽ có 2 Cục Hải quan nằm trong địa giới 1 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. “Tôi đồng tình với việc có thể chia tách Cục Hải quan thành phố Hà Nội và TP.HCM thành 2-3 cục hải quan, có thể một cục phụ trách khu vực cảng biển, một cục phụ trách khu vực sân bay và một cục quản lý khu vực thành phố”.

Phó Chủ tịch Quốc hội cũng đề nghị ban soạn thảo làm rõ thêm cụm từ “đơn vị tương đương” tại Điều 14 dự thảo Luật. Phó Chủ tịch cho biết thêm, nếu Quốc hội đồng ý với dự thảo luật thì Tổng cục Hải quan có thể sắp xếp, kiện toàn lại hệ thống tổ chức hải quan.