Bám sát các nội dung quy định của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế (sau đây gọi tắt là Luật Quản lý thuế sửa đổi), Nghị định 83/2013/NĐ-CP tập trung vào 2 mảng nội dung:

Các nội dung Luật sửa đổi giao Chính phủ quy định chi tiết thi hành (9 nội dung): Áp dụng cơ chế quản lý rủi ro trong quản lý thuế; Áp dụng biện pháp ưu tiên khi thực hiện các thủ tục về thuế đối với hàng hoá xuất nhập khẩu; Xác định trước mã số, xác định trước trị giá hải quan, xác nhận trước xuất xứ cho hàng hóa xuất nhập khẩu; Áp dụng công nghệ thông tin trong quản lý thuế; Cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA); Tần suất kê khai; Thời hạn kê khai, nộp thuế đối với các khoản thu từ đất, lệ phí trước bạ; Xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; Nộp dần tiền thuế.

Những nội dung sửa đổi để phù hợp với Luật sửa đổi và khắc phục những vướng mắc, phát sinh trong thực tiễn (12 nội dung): Khai thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa nhập khẩu; Địa điểm và hình thức nộp thuế; Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; Gia hạn nộp thuế; Trách nhiệm cơ quan thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế; thu thập thông tin ở ngoài nước trong quản lý thuế; tạm ngừng kinh doanh; Về đăng ký thuế, khai thuế; Về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế; thứ tự thanh toán tiền thuế; ngày nộp thuế; Trách nhiệm cung cấp thông tin của cơ quan Nhà nước; Về thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu; Về kiểm tra thuế, thanh tra thuế.

Cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA)

Luật Quản lý thuế (sửa đổi) quy định người nộp thuế có quyền đề nghị cơ quan thuế áp dụng cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) để chủ động hơn trong phương án đầu tư và đảm bảo nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước. Cơ chế Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá là nội dung về thuế quốc tế, gắn với Hiệp định tránh đánh thuế hai lần. Theo thông lệ quốc tế, ở cấp độ luật, các nước chỉ quy định điều khoản chung, cho phép cơ quan thuế có thể thực hiện APA. Trên cơ sở điều khoản này của luật, các nước thường ban hành văn bản hướng dẫn quy trình tiến hành APA, trong đó sẽ bao gồm các nội dung về điều kiện, phạm vi các giao dịch, nội dung phương pháp xác định giá, thời gian thực hiện,… Trong điều kiện Việt Nam còn chưa có kinh nghiệm thực tiễn, các nội dung về quy trình thực hiện APA sẽ phải được xây dựng và hoàn thiện dần trên cơ sở áp dụng thí điểm một số trường hợp trước khi thực hiện đại trà.

Tại Nghị định hướng dẫn những nguyên tắc chung như: APA được thực hiện trên cơ sở quy định của pháp luật Việt Nam, quy định tại các Hiệp định thuế mà Việt Nam đã ký kết và phù hợp với thông lệ quốc tế. Việc thực hiện APA là tự nguyện đối với người nộp thuế và cơ quan Thuế. Cơ quan Thuế căn cứ vào đề nghị của người nộp thuế, đề nghị của cơ quan Thuế nước ngoài để quyết định thực hiện đàm phán APA. APA được áp dụng để xác định nghĩa vụ thuế Thu nhập doanh nghiệp trong kỳ khai thuế năm của các doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Thời gian áp dụng thỏa thuận nên là 3-5 năm và có sự gia hạn nếu cần thiết. Bộ trưởng Bộ Tài chính chịu trách nhiệm phê duyệt nội dung APA trước khi được đàm phán và ký kết.

Theo đó, Nghị định quy định chi tiết nguyên tắc thực hiện Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế tại Khoản 6 Điều 5 và bổ sung một điều (Điều 36) quy định nội dung cơ bản về APA.

Kiểm tra sau thông quan về thuế

Tại Nghị định quy định hai điều về kiểm tra sau thông quan: một điều về kiểm tra sau thông quan về thuế tại trụ sở cơ quan Hải quan (Điều 50), một điều về kiểm tra sau thông quan về thuế tại trụ sở người nộp thuế (Điều 51). Nội dung quy định theo nguyên tắc: Quy định chi tiết đầy đủ hơn để đảm bảo cho thực hiện nhưng không trái Luật.

Quy định rõ hơn về kiểm tra sau thông quan về thuế tại trụ sở cơ quan Hải quan, nêu cụ thể thẩm quyền thông báo yêu cầu kiểm tra tại trụ sở cơ quan Hải quan, thời gian kiểm tra, thời gian kết luận nhằm mục đích tránh việc thực hiện tùy tiện, không thống nhất.

Quy định rõ các trường hợp kiểm tra, thời hạn kiểm tra, thẩm quyền kiểm tra sau thông quan về thuế tại trụ sở người nộp thuế để đảm bảo không vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện.

Xóa nợ tiền thuế, tiền phạt không có khả năng thu hồi phát sinh trước ngày 01/7/2007

Các trường hợp được xóa nợ tiền thuế, tiền phạt theo quy định tại Khoản 3 Điều 2 Luật Quản lý thuế (sửa đổi).

Tại Điều 55 của Nghị định 83 có quy định Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể các điều kiện xóa nợ tiền thuế, tiền phạt. Và việc xóa nợ tiền thuế đối với các trường hợp quy định tại Khoản 1 Điều này thì đồng thời được xóa nợ tiền phạt chậm nộp, tiền chậm nộp của khoản thuế nợ gốc được xóa tương ứng.

Có thể thấy, việc hướng dẫn bổ sung trường hợp được xoá nợ tiền thuế, tiền phạt sẽ đảm bảo quyền lợi cho người nộp thuế, giảm gánh nặng cho doanh nghiệp với các khoản nợ phát sinh do lịch sử để lại chưa được xử lý (khoanh nợ, nợ ảo). Tạo thuận lợi cho công tác quản lý của cơ quan Thuế và Hải quan đối với những khoản nợ tiền thuế, tiền phạt mà các cơ quan này đã áp dụng đầy đủ biện pháp cưỡng chế thi hành và quá 10 năm, nhưng vẫn không có khả năng thu hồi.

Việc hướng dẫn hồ sơ xóa nợ: Nội dung sửa đổi “Tờ khai quyết toán thuế” bằng “Quyết định tuyên bố phá sản” nhằm sát với thực tế hiện nay là trong trình tự xử lý phá sản, cơ quan Thuế đã tham gia xác định các khoản nợ thuế và Quyết định tuyên bố phá sản của Toà án là quyết định có hiệu lực pháp lý, từ đó  sẽ giảm được thủ tục hành chính và phù hợp với quy định của pháp luật phá sản; đồng thời việc hướng dẫn cụ thể các loại giấy tờ trong hồ sơ xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với từng trường hợp được xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nhằm minh bạch hóa thủ tục hành chính, dễ thực hiện cho doanh nghiệp và cơ quan Hải quan.

Bên cạnh đó, việc hướng dẫn thẩm quyền xoá nợ nhằm phân cấp các cho các cấp,  giúp sát hơn với thực tế của doanh nghiệp, giảm tải công việc xóa nợ cho một đơn vị đầu mối.