Kết quả nghiên cứu của CIEM cho thấy hai lỗ hổng pháp luật liên quan đến doanh nghiệp cùng các hộ kinh doanh lâu nay vẫn bị bỏ qua trong khi những hệ lụy của nó là không phải nhỏ. Theo nhìn nhận của CIEM, cụm từ “thanh tra, kiểm tra” xuất hiện có thể nói với tần suất rất cao trong tất cả các văn bản luật, dưới luật. Tuy rằng việc thanh tra là thủ tục tuân thủ luật thanh tra năm 2010 nhưng hệ quả của thủ tục “kiểm tra” thực tế cho thấy có thể đem đến nhiều chế tài đối với các tổ chức và cá nhân kinh doanh, trong đó bao gồm chế tài hành chính, chế tài hình sự. Theo đánh giá của CIEM thì các thủ tục này vẫn chưa ra khỏi tình trạng chồng chéo, lạm dụng để gây nhũng nhiễu doanh nghiệp.

Liên quan đến vấn đề này Thủ tướng Chính phủ tại Chỉ thị số 20/CT-TTg (ngày 17/5/2017) đã nhấn mạnh yêu cầu không để xảy ra tình trạng thanh tra, kiểm tra quá 1 lần/năm đối với doanh nghiệp. CIEM đề xuất cần ban hành luật về kiểm tra doanh nghiệp trong đó quy định rõ thẩm quyền, thủ tục, nội dung cũng như trình tự của hoạt động kiểm tra. Đi đôi với đó tiến hành việc kiểm tra chấp hành điều kiện kinh doanh đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện.

Trong lộ trình tái cơ cấu kinh tế còn có một lực lượng kinh tế rất quan trọng là các hộ kinh doanh. Số liệu thống kê cho thấy hiện có khoảng trên 4 triệu hộ kinh doanh tạo ra trên 10 triệu việc làm. Trong khi hiện nay hoàn toàn không có một luật quy định trực tiếp nào liên quan đến hộ kinh doanh thì tâm lý ngại hoặc không muốn chuyển đổi thành doanh nghiệp lại đang rất phổ biến với các hộ kinh doanh này. CIEM đã nêu đề xuất tiến tới ban hành Luật về hộ kinh doanh trong đó quy định rõ các biện pháp hỗ trợ cũng như quyền và nghĩa vụ của các hộ kinh doanh

Dưới góc độ pháp luật liên quan đến tái cơ cấu kinh tế còn có một “mặt trận” khác không kém phần phức tạp là thủ tục hành chinh. Thống kê tại Cơ sở dữ liệu thủ tục hành chính quốc gia ghi nhận hiện có tới trên 7.200 thủ tục hành chính. Các chuyên gia đánh giá chi phí tuân thủ thủ tục hành chính vẫn khá tốn kém và có xu hướng tăng, đặc biệt lệ phí liên quan đến doanh nghiệp. Hơn nữa, thời gian thực hiện và hoàn thành thủ tục hành chính dây dưa, kéo dài cũng đang ảnh hưởng lớn đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Vì vậy, cần tiếp tục cắt giảm thủ tục hành chính, các thủ tục nào không cần thiết có thể áp dụng thu phí dịch vụ.

Đặc biệt các chuyên gia ghi nhận tính bất hợp lý của công tác “chứng nhận của chứng nhận” trong đăng ký kinh doanh. Hiện hầu hết các Nghị định quy định về điều kiện kinh doanh đều có thủ tục cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh. Để hợp thức hóa những thủ tục này thường kèm theo những điều kiện “mập mờ” như có trang thiết bị phù hợp, phương án kinh doanh, sơ đồ mô tả khu vực kinh doanh… Lối ra được đề xuất là bỏ thủ tục xác nhận đủ điều kiện kinh doanh để chuyển sang thực hiện hậu kiểm trong kiểm tra thủ tục kinh doanh.