Theo Thông tư này, khung giá dịch vụ bốc dỡ container nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất tại khu vực 1 (không áp dụng đối với khu vực bến cảng Lạch Huyện) được điều chỉnh tăng 10% so với Quyết định số 3863/QĐ-BGTVT của Bộ Giao thông Vận tải, từ 30 USD/container 20 feet, 45 USD/container 40 feet lên 33 USD/container 20 feet, 50 USD/container 40 feet (đối với dịch vụ bốc dỡ từ tàu (sà lan) sang bãi cảng và ngược lại). Riêng đối với dịch vụ bốc dỡ từ tàu (sà lan) sang sà lan, ô tô, toa xe tại cầu cảng và ngược lại, mức giá được điều chỉnh tăng khoảng 50%, từ 18 USD/container 20 feet, 27 USD/container 40 feet lên 26 USD/container 20 feet, 40 USD/container 40 feet.

Cùng đó, khung giá dịch vụ bốc dỡ container nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất tại khu vực Lạch Huyện được điều chỉnh tăng 10% theo lộ trình thực hiện đến năm 2021, từ 46 USD/container 20 feet, 68 USD/container 40 feet lên 52 USD/container 20 feet, 77 USD/container 40 feet.

Tại khu vực Cái Mép - Thị Vải, khung giá dịch vụ bốc dỡ container nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất được điều chỉnh tăng 10%, từ 46 USD/container 20 feet, 68 USD/container 40 feet lên 52 USD/container 20 feet, 77 USD/container 40 feet; Đồng thời, khung giá bốc dỡ container trung chuyển, quá cảnh (từ tàu, sà lan sang bãi cảng và ngược lại) giảm khoảng 10%, từ 34 USD/container 20 feet , 51 USD/container 40 feet xuống 31 USD/container 20 feet, 46 USD/container 20 feet.

Còn tại khu vực bến cảng Đông bằng sông Cửu Long, khung giá dịch vụ bốc dỡ container nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất được điều chỉnh giảm 50% so với khu vực 3. 

Khung giá dịch vụ cầu, bến, phao neo đối với khách du lịch cũng được điều chỉnh tăng so với Quyết định 3946/QĐ-BGTVT của Bộ Giao thông Vận tải, từ 0,99 - 1,1 USD/người/lượt lên 2,5 – 3,5 USD/người/lượt. 

Thông tư số 54 của Bộ Giao thông vận tải cũng nêu rõ, trường hợp các yếu tố hình thành giá thay đổi có thể làm cho giá dịch vụ tại cảng biển thấp hơn mức giá tối thiểu hoặc cao hơn mức giá tối đa theo khung giá quy định và trường hợp các cầu, bến cảng được đầu tư xây dựng mới chuyên dùng để khai thác tàu khách quốc tế, doanh nghiệp cung ứng dịch vụ phải đề xuất mức giá, báo cáo Cục Hàng hải Việt Nam trình Bộ Giao thông vận tải xem xét quyết định sửa đổi, bổ sung Thông tư.

Thông tư số 54/2018/TT-BGTVT có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2019, bãi bỏ Quyết định số 3863/QĐ-BGTVT và Quyết định số 3946/QĐ-BGTVT của Bộ Giao thông vận tải.