Hiện tại, trên hệ thống hóa đơn điện tử (HĐĐT) của cơ quan thuế đã có khoảng 6 tỷ hóa đơn được tiếp nhận và xử lý. Đây là nguồn dữ liệu lớn cơ quan thuế cần thực hiện rà soát, phân tích dữ liệu, phát hiện rủi ro, phòng chống gian lận về HĐĐT.

Trong công tác đối chiếu dữ liệu hóa đơn GTGT và tờ khai thuế GTGT, khi toàn Ngành chưa triển khai chức năng chạy tự động kết quả đối chiếu dữ liệu HĐĐT và tờ khai thuế GTGT, trên nguồn dữ liệu về HĐĐT của quý 1/2022 đối với 6 tỉnh triển khai hóa đơn giai đoạn 1 (TP. Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Phú Thọ, Bình Định, TP. Hải Phòng, Quảng Ninh).

Trong đợt rà soát này, sau khi cơ quan thuế thực hiện rà soát các doanh nghiệp có chênh lệch sai lệch giữa dữ liệu hóa đơn và số liệu kê khai thuế GTGT thì người nộp thuế (NNT) đã thực hiện kê khai bổ sung tờ khai thuế GTGT điều chỉnh tăng số thuế GTGT nhiều nhất tại Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh (35,2 tỷ đồng) và Cục Thuế Hà Nội (32,6 tỷ đồng).

Qua kết quả báo cáo của các cục thuế gửi về, Tổng cục Thuế cho biết, cần phải thường xuyên rà soát xử lý ngay những trường hợp NNT có số liệu sai lệch về doanh thu và số thuế GTGT, để tránh tình trạng khi số liệu đánh giá đưa xuống kiểm tra thực tế thì NNT đã chuyển sang trạng thái bỏ địa điểm kinh doanh, tạm dừng hoạt động, chuyển địa điểm sau đó gửi hồ sơ lên Sở Kế hoạch và Đầu tư xin giải thể doanh nghiệp nhưng chưa hoàn thành hết các thủ tục liên quan với cơ quan thuế,…

Tính đến ngày 30/11/2023, theo báo cáo của các cục thuế, số thuế GTGT đầu ra NNT đã thực hiện kê khai bổ sung là 1.921,67 tỷ đồng. Trong đó, phát hiện: có 15.866 NNT tạm dừng hoạt động; 13.023 NNT đã dừng hoạt động; 17.879 NNT bỏ địa chỉ kinh doanh; 1.869 NNT đã chuyển hồ sơ sang Công an.

Trong quá trình rà soát các trường hợp sai lệch, Tổng cục Thuế và các cục thuế đã phát hiện một số vấn đề tồn tại liên quan đến dữ liệu HĐĐT cần có biện pháp khắc phục để dữ liệu ngày càng chính xác. Cụ thể, hiện không phân biệt được hóa đơn dùng cho các hoạt động xuất, nhập khẩu ủy thác dẫn đến xác định doanh thu không đúng với nghiệp vụ phát sinh. Hóa đơn chiết khấu thương mại/giảm giá hàng bán chưa có quy định thống nhất dẫn đến việc giảm trừ doanh thu không chính xác.

Cũng có tình trạng hóa đơn người mua đã thực hiện kê khai, khấu trừ nhưng người bán thực hiện điều chỉnh hóa đơn nhưng không thông báo cho người mua biết dẫn đến số liệu đối chiếu hóa đơn và tờ khai có chênh lệch. Hay trường hợp hóa đơn xuất hàng bán trả lại do người mua xuất hóa đơn cho phần hàng trả lại cũng dẫn đến doanh thu trên hóa đơn không phản ảnh thực chất hoạt động của doanh nghiệp.

Hiện Tổng cục Thuế đang nâng cấp hoàn thiện ứng dụng, nội dung vướng mắc đã được đưa vào đề xuất dự thảo Nghị định sửa đổi Nghị định số 123/NĐ-CP như: hóa đơn chiết khấu thương mại/giảm giá hàng bán, hàng bán trả lại cần được quy định rõ ràng hơn.