Tuy nhiên,  xu hướng TMĐT xuyên biên giới phát triển mạnh đồng nghĩa với việc phát sinh thách thức mới trong công tác quản lý để vừa đảm bảo thông quan, giải phóng hàng hóa nhanh chóng, trong khi vẫn phải đảm bảo yêu cầu về tuân thủ pháp luật.

Cục Giám sát quản lý về hải quan (Tổng cục Hải quan) cho rằng, khi số lượng các sàn giao dịch, trang bán hàng điện tử tăng với tốc độ cao thì việc quản lý gặp nhiều khó khăn hơn. 

Việc kiểm soát thông tin về hàng hóa trên các sàn giao dịch và thực tế hàng hóa là vấn đề nan giải, vì vậy, cơ quan nhà nước khó có thể kiểm soát hết được hàng hoá vi phạm về sở hữu trí tuệ, hàng giả, hàng nhái trên môi trường mạng.

Theo Cục Hải quan Hà Nội, hiện nay các công ty kinh doanh dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh với vai trò là bên vận chuyển đứng ra làm thủ tục nhập hàng, hoàn thành nghĩa vụ thuế cho lô hàng, sau đó giao hàng đến tận tay người tiêu dùng, thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Thông tư 49/2015/TT-BTC và Thông tư 191/2015/TT-BTC. 

Tuy nhiên, trong công tác quản lý, TMĐT đang nảy sinh các vấn đề vướng mắc trong quản lý trị giá tính thuế cũng như áp dụng quản lý chuyên ngành. Về trị giá tính thuế, người mua hàng thường mua vào thời điểm giảm giá hoặc mua nhiều sản phẩm được hưởng giá ưu đãi. Trong khi các văn bản quy định về trị giá hải quan chưa có quy định về trường hợp này.

Do vậy, “để đảm bảo thu đúng, thu đủ thuế cho NSNN và đảm bảo quyền lợi cho người mua hàng, cần có quy định cụ thể để tổ chức, cá nhân tham gia NK hàng hóa thông qua TMĐT thực hiện khai báo đúng trị giá hải quan và cơ quan Hải quan có căn cứ để kiểm tra, xác định trị giá tính thuế”, đại diện Cục Hải quan Hà Nội nhấn mạnh.

Bên cạnh đó, đối với cơ quan quản lý về cơ chế thanh toán, bảo lãnh, các giao dịch thanh toán lớn, cơ quan quản lý nhà nước không thể kiểm soát giao dịch nào thực hiện thanh toán cho đơn hàng nào, thực tế thanh toán có phù hợp với đơn hàng không?

Hiện nay, quy định pháp luật về quản lý chuyên ngành chưa có sự phân biệt giữa hoạt động TMĐT và thương mại truyền thống. Hầu hết hàng hóa NK thông qua giao dịch TMĐT do các cá nhân trực tiếp thực hiện, rất nhiều trường hợp số lượng mua hàng ít, trị giá không cao nhưng nhiều mặt hàng phải xin giấy phép hoặc kiểm tra chuyên ngành như: Sách, truyện, sữa bột, thực phẩm chức năng, mỹ phẩm, hàng điện tử… 

Người mua hàng thường không hiểu biết về chính sách mặt hàng nên gặp khó khăn trong quá trình đi xin giấy phép, kiểm tra chuyên ngành, gây tốn kém chi phí, kéo dài thời gian thông quan, thậm chí có những trường hợp phải từ chối nhận hàng trả lại cho người bán do không xin được giấy phép. 

Vì vậy, cần phải có quy định riêng về quản lý chuyên ngành đối với trường hợp cá nhân NK hàng hóa thông qua TMĐT nhằm tạo sự minh bạch, thông thoáng cho hoạt động này, đồng thời chống buôn lậu, trốn thuế, XNK hàng cấm, hàng hạn chế XNK.

Trước xu hướng phát triển của TMĐT xuyên biên giới, Tổng cục Hải quan đang nghiên cứu xây dựng mô hình và phương thức quản lý đối với hoạt động thương mại này tại Việt Nam. Cần có đủ cơ chế pháp lý phù hợp với xu thế phát triển, vừa đảm bảo công tác quản lý, vừa tạo thuận lợi cho hoạt động giao dịch thương mại hiện đang phổ biến trên toàn cầu.