Điều 33 Luật Tổ chức Cơ quan điều tra hình sự 2015 quy định nhiệm vụ, quyền hạn điều tra của Hải quan như sau: (1) Cơ quan Hải quan khi thực hiện nhiệm vụ trong lĩnh vực quản lý của mình mà phát hiện tội phạm quy định tại các Điều 188 (tội buôn lậu); Điều 189 (Tội vận chuyển trái phép hàng hoá, tiền tệ qua biên giới và Điều 190 (tội sản xuất, buôn bán hàng cấm) của Bộ luật hình sự thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu có nhiệm vụ:

Đối với tội phạm ít nghiêm trọng trong trường hợp phạm tội quả tang, chứng cứ và lai lịch người phạm tội rõ ràng thì quyết định khởi tố vụ án hình sự, lấy lời khai, thu giữ, tạm giữ và bảo quản vật chứng, tài liệu liên quan trực tiếp đến vụ án, khám người, khám nơi cất giữ hàng hoá trong khu vực kiểm soát hải quan; trưng cầu giám định khi cần thiết; khởi tố bị can, tiến hành các biện pháp điều tra khác theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự, kết thúc điều tra và chuyển hồ sơ cho Viện Kiểm sát có thẩm quyền trong thời hạn 1 tháng, kể từ ngày ra quyết định khởi tố vụ án;

Đối với tội phạm nghiêm trọng, rất nghiêm trọng, đặc biệt nghiêm trọng hoặc tội phạm ít nghiêm trọng nhưng có nhiều tình tiết phức tạp thì quyết định khởi tố vụ án hình sự, lấy lời khai, thu giữ, tạm giữ và bảo quản vật chứng, tài liệu liên quan trực tiếp đến vụ án, khám người, khám nơi cất giữ hàng hoá trong khu vực kiểm soát hải quan, chuyển hồ sơ vụ án cho Cơ quan Điều tra có thẩm quyền trong thời hạn 07 ngày, kể từ ngày ra Quyết định khởi tố vụ án".

Tuy nhiên đến nay, trong Ngành không có vụ án nào Cơ quan Hải quan các cấp tiến hành khởi tố vụ án, bị can, tiến hành điều tra và chuyển Viện Kiểm sát nhân dân có thẩm quyền theo quy định tại điểm a, khoản 1, Điều 33 Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự 2015.

Bên cạnh đó, việc chưa có hướng dẫn cụ thể việc áp dụng biểu mẫu ấn chỉ, sổ sách về công tác Điều tra hình sự cho lực lượng điều tra viên của cơ quan Hải quan (tạm thời sử dụng theo Thông tư 61/2017/TT-BCA của Bộ Công an); Các điều kiện phục vụ công tác điều tra xét hỏi theo đúng quy định của lực lượng Hải quan (Phòng hỏi cung độc lập, phòng tạm giữ...) cũng là rào cản lớn cho việc triển khai hoạt động tố tụng của cơ quan Hải quan được triển khai đầy đủ, đúng quy định và mang tính chuyên nghiệp cao.

Tại Cục Hải quan Quảng Ninh, trong những năm qua, khi phát hiện vụ việc bắt giữ các đối tượng phạm tội, các đơn vị trực thuộc Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh đều phối hợp với Viện Kiểm sát nhân dân cùng cấp để tiến hành phân loại, đối với những vụ việc có nhiều tình tiết phức tạp, tang vật vi phạm có trị giá lớn, nhiều đối tượng tham gia hành vi phạm tội hoặc các đối tượng bỏ trốn, chưa rõ đối tượng, các đơn vị đều phối hợp với Cơ quan điều tra các cấp để tiến hành điều tra, thu thập thông tin, đánh giá sự việc để có hướng điều tra chính xác nhất.

Thời gian tới, hoạt động tố tụng của cơ quan hải quan nói chung và công tác tổ chức điều tra hình sự của cơ quan Hải quan sẽ được các cấp, ngành quan tâm,c hú trọng hơn nữa, để các hoạt động này phát huy hết hiệu quả, góp phần phát hiện, ngăn chặn, đẩy lùi, kịp thời xử lý các hành vi vi phạm pháp luật trong lĩnh vực Hải quan.