Thông tư 124/2016/TT-BTC nêu rõ số tiền thu được từ cho thuê nhà ở công vụ được nộp vào tài khoản tạm giữ mở tại Kho bạc Nhà nước do cơ quan quản lý nhà ở làm chủ tài khoản trước ngày 30 hàng tháng.

Số tiền thu được từ cho thuê nhà ở công vụ được sử dụng: Chi cho bảo trì nhà ở thuộc sở hữu nhà nước đang cho thuê; Chi thanh toán các khoản chi quản lý vận hành nhà ở thuộc sở hữu nhà nước đang cho thuê

Trường hợp thuê nhà ở thương mại để làm nhà ở công vụ mà tiền thuê nhà ở thương mại cao hơn số tiền thuê do người thuê phải trả thì người thuê phải trả tiền thuê nhà không vượt quá 10% tiền lương đang được hưởng tại thời điểm thuê nhà ở công vụ.

Thủ tục thanh toán phần chênh lệch còn lại được thực hiện như sau:

Căn cứ quyết định về việc thuê nhà ở thương mại để làm nhà ở công vụ của cấp có thẩm, cơ quan quản lý cán bộ đủ tiêu chuẩn thuê nhà ở công vụ có văn bản gửi cơ quan quản lý nhà ở công vụ để xác định số tiền thuê nhà ở công vụ phải trả và xác định phần chênh lệch giữa số tiền thuê nhà ở thương mại làm nhà ở công vụ và số tiền người thuê nhà phải trả. Số tiền ngân sách nhà nước chi trả cho phần chênh lệch theo quy định để xây dựng và đưa vào dự toán chi tiêu hàng năm của đơn vị.

Căn cứ dự toán được phê duyệt, cơ quan quản lý cán bộ thuê nhà ở công vụ thực hiện chi trả phần tiền chênh lệch này hàng tháng phù hợp với thời điểm Nhà nước thanh toán tiền lương theo quy định và thực hiện quyết toán số tiền này cùng với quyết toán chung của đơn vị.