Theo phản ánh của đại diện công ty UPS, ngày 5/9/2012, tại công văn số 1577/TXNK-G, cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã yêu cầu các công ty chuyển phát nhanh phải “khai báo đầy đủ các chi phí liên quan đến việc hàng hóa nhập khẩu như: trị giá hàng hóa, phí vận tải, phí bảo hiểm, phí bản quyền… (nếu có) trước khi được xem xét quyết định miễn thuế theo Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ban hành ngày 30/11/2010”. Theo quy định tại QĐ 78 thì hàng hóa có giá trị từ 1.000.000 VNĐ trở xuống sẽ được miễn thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng.

Chính vì vậy, theo công ty UPS thì yêu cầu này của Hải quan TP. Hồ Chí Minh sẽ làm hỏng sự hữu ích thương mại của ngưỡng giá trị tối thiểu 1.000.000 VNĐ được miễn thuế mà Việt Nam đã quy định tại QĐ 78. Đồng thời quy định này của Hải quan TP. Hồ Chí Minh đi ngược lại tinh thần thông hiểu đã đạt được giữa các thành viên Hiệp hội Chuyển phát nhanh và TCHQ là trị giá để xác định miễn thuế sẽ được dựa theo giá trị khai báo (giá trị này được khai báo dựa trên hóa đơn gốc bởi người gửi). Đồng thời cũng  mâu thuẫn với khoản 5.1, Điều 20 Thông tư 205/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính  “Hàng hóa nhập khẩu theo khai báo từ 5 triệu đồng, hay thấp hơn, thì trị giá tính thuế là trị giá khai báo”. Bên cạnh đó, quy định phải tách bạch giữa phí vận tải, phí bản quyền hay bảo hiểm (nếu có) ra khỏi cơ cấu giá của hàng chuyển phát nhanh là gây khó khăn cho doanh nghiệp, không đảm bảo điều “cốt tử” của loại hàng này là nhanh chóng. Bởi vì, đặc thù của hàng hóa chuyển phát nhanh là “door to door”, nghĩa là hàng hóa được chuyển tới tận tay người nhận, bao gồm cả giá vận tải quốc tế và trong nước.

Dựa trên những lí do này, công ty UPS và Hiệp hội Chuyển phát nhanh đề nghị TCHQ có hướng dẫn thống nhất trong xác định trị giá tính thuế với hàng hóa chuyển phát nhanh và đảm bảo thời gian thông quan hàng hóa nhanh chóng.

Phát biểu tại buổi làm việc, ông Vũ Việt Đức – Phó cục trưởng Cục Giám sát quản lý cho rằng, doanh nghiệp cần phải hiểu được hai khía cạnh khác nhau trong vấn đề này. Thứ nhất là liên quan tới việc phân luồng hàng hóa. Quy định tại QĐ 78 cho phép hàng hóa có giá trị dưới 1 triệu VNĐ thì được phân vào luồng 1. Như vậy, nếu hàng hóa có giá trị dưới 1 triệu, đương nhiên sẽ được thông quan và miễn thuế. Thứ hai là liên quan tới trị giá tính thuế. Về nguyên tắc, tất cả các mặt hàng đều phải được xác định trị giá tính thuế theo phương pháp như nhau, dù đó là hàng hóa chuyển phát nhanh hay bất kỳ loại hình nào khác. Nghĩa là trị giá tính thuế phải bao gồm cả các loại phí cộng vào. Do đó,  yêu cầu của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh không hề mâu thuẫn với QĐ 78 và đáp ứng yêu cầu quản lý về hải quan.

Theo ông Nguyễn Trọng Hùng - Phó cục trưởng Cục HQTP Hồ Chí Minh thì cơ quan hải quan rất thấu hiểu mong muốn được thông quan nhanh chóng của doanh nghiệp chuyển phát nhanh. Chính vì vậy, ông Hùng đề nghị một phương án là, giao cho doanh nghiệp tự bóc tách các loại phí vận tải trong nước và quốc tế trong trị giá tính thuế, doanh nghiệp chịu trách nhiệm với khai báo của mình. Dựa trên cơ sở đó, cùng với những thông tin quản lý của mình, cơ quan hải quan sẽ phân luồng và tính thuế một cách nhanh chóng, chính xác.

Giải thích thêm cho doanh nghiệp về nguyên tắc tính thuế, ông Lưu Mạnh Tưởng – Phó cục trưởng Cục Thuế xuất nhập khẩu phát biểu, đối với hàng hóa dưới 1 triệu đồng thì không cần bàn tới, còn đối với hàng hóa trên 1 triệu đồng thì phải nộp thuế, do đó phải xác định trị giá tính thuế. Có hai cách xác định trị giá tính thuế, một là do doanh nghiệp khai báo, hai là do cơ quan hải quan ấn định - nếu nhận định khai báo của doanh nghiệp chưa chính xác. Trong đó, trị giá khai báo không chỉ là trị giá hóa đơn mà gồm cả các khoản điều chỉnh cộng (phí vân tải, bảo hiểm, bản quyền…). Ông Tưởng cũng đồng ý với phương án để doanh nghiệp tự bóc tách các loại phí vận tải mà Hải quan TP. Hồ Chí Minh đưa ra.

Sau khi lắng nghe các ý kiến tại buổi làm việc, Phó tổng cục trưởng HQVN Hoàng Việt Cường đã kết luận hai vấn đề. Vấn đề thứ nhất, Phó tổng cục trưởng khẳng định, QĐ 78 của Thủ tướng Chính phủ ban hành là nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, phù hợp với thông lệ quốc tế. Cơ quan hải quan đã thực hiện đúng tinh thần của QĐ này, đồng thời luôn cân bằng giữa tạo thuận lợi thương mại và quản lý nhà nước về hải quan, do đó áp dụng hệ thống quản lý rủi ro và hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành để ngăn chặn những gian lận có thể phát sinh.

Vấn đề thứ hai, về vướng mắc trong trị giá tính thuế, cơ quan hải quan căn cứ vào hệ thống pháp luật hiện hành để xác định trị giá tính thuế, đồng thời thực hiện đầy đủ quyền tham vấn của mình. Doanh nghiệp được tự khai báo trị giá tính thuế, đồng thời phải chịu trách nhiệm về khai báo của mình. Phó tổng cục trưởng khẳng định trị giá tính thuế đương nhiên phải bao gồm trị giá hàng hóa và các chi phí liên quan. Phó tổng cục trưởng đồng ý với phương án mà cục Hải quan Hồ Chí Minh đưa ra, đồng thời nhấn mạnh về trách nhiệm khai báo trung thực của doanh nghiệp.

Doanh nghiệp có mặt tại cuộc họp hoàn toàn đồng ý với kết luận của Phó tổng cục trưởng và phương án thực hiện mà Hải quan địa phương đưa ra. Đồng thời mong muốn có văn bản hướng dẫn cụ thể tới các đơn vị để thực hiện thống nhất trong thời gian tới. Trả lời doanh nghiệp, Phó Tổng cục trưởng giao cho Cục Thuế XNK và Cục GSQL soạn thảo văn bản hướng dẫn để TCHQ ban hành, thực hiện thống nhất trong toàn quốc dựa trên quan điểm vừa tạo thuận lợi cho doanh nghiệp vừa đảm bảo quản lý chặt chẽ hoạt động xuất nhập khẩu.