Bộ Tài chính cho biết, căn cứ theo điểm c5 khoản 5 Điều 112 Thông tư 128/2013/TT-BTC ngày 10/09/2013 của Bộ Tài chính, doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm (nhà cung cấp) sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho doanh nghiệp khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu thì sau khi doanh nghiệp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài; doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với phần doanh nghiệp khác dùng sản xuất sản phẩm và đã thực xuất khẩu...

Tuy nhiên, đối với trường hợp doanh nghiệp không thể cung cấp tờ khai xuất khẩu, chứng từ thanh toán hàng xuất khẩu và hợp đồng xuất khẩu bản chính cho nhiều nhà cung cấp để làm thủ tục hoàn thuế nhập khẩu nguyên liệu Bộ Tài chính hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện như sau:

Một là, doanh nghiệp căn cứ trên cơ sở số lượng hàng hóa, định mức sử dụng linh kiện, chi tiết để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, có công văn thông báo gửi cơ quan hải quan nơi nhà cung cấp nội địa của doanh nghiệp mở tờ khai nhập khẩu đề nghị hoàn thuế (theo mẫu đính kèm). Nội dung công văn của doanh nghiệp phải thể hiện rõ các thông tin:

- Số hiệu tờ khai xuất khẩu, ngày đăng ký tờ khai, địa điểm đăng ký tờ khai;

- Số lượng hàng hóa xuất khẩu của SEV;

- Tên và số lượng bán thành phẩm do doanh nghiệp là nhà cung cấp nội địa xuất bán cho doanh nghiệp được cấu thành trong số lượng hàng hóa đã xuất khẩu.

- Cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp là nhà cung cấp nội địa đề nghị hoàn thuế;

- Cam kết của doanh nghiệp chịu trách nhiệm về các thông tin đã khai báo với cơ quan hải quan.

Hai là, doanh nghiệp thực hiện sao y tờ khai xuất khẩu (bản lưu người khai hải quan) cho nhà cung cấp nội địa, chịu trách nhiệm về số lượng bản sao tờ khai xuất khẩu cung cấp cho các nhà cung cấp nội địa, theo dõi trừ lùi về lượng bán thành phẩm cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu đảm bảo chính xác về số lượng và chủng loại.

Cơ quan hải quan nơi các nhà cung cấp nội địa có trách nhiệm đề nghị hoàn thuế căn cứ công văn thông báo của doanh nghiệp, bản sao tờ khai xuất khẩu, hợp đồng xuất khẩu (do doanh nghiệp phát hành cho nhà cung cấp nội địa), hóa đơn Giá trị gia tăng do nhà cung cấp nội địa phát hành khi bán thành phẩm cho doanh nghiệp để thay thế: Bản chính tờ khai xuất khẩu, bản chính chứng từ thanh toán hàng xuất khẩu, bản chính hợp đồng xuất khẩu trong bộ hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 117 Thông tư 128/2013/TT-BTC và thực hiện hoàn thuế cho các nhà cung cấp nội địa nếu thuộc đối tượng hoàn thuế quy định tại điểm c5 khoản 5 Điều 112 Thông tư 128/2013/TT-BTC.

Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng nhấn mạnh, các nhà cung cấp nội địa có nghĩa vụ kê khai minh bạch và chính xác đối với hồ sơ hoàn thuế và chịu hoàn toàn trách nhiệm trước pháp luật đối với hồ sơ hoàn thuế xuất trình cơ quan hải quan.