Hợp tác Mekong-Nhật Bản đã đóng góp hiệu quả vào phát triển và thịnh vượng ở khu vực. Nhiều dự án trong Kế hoạch hành động giai đoạn 2016-2018, sáng kiến Kết nối Mekong-Nhật Bản được triển khai trên các lĩnh vực như kết nối hạ tầng cứng, hạ tầng mềm, giảm nhẹ rủi ro thiên tai, chống biến đổi khí hậu và giao lưu nhân dân. Các dự án cơ sở hạ tầng này cũng góp phần kết nối các nước Tiểu vùng sông Mekong và thực hiện chiến lược xuất khẩu cơ sở hạ tầng chất lượng cao của Nhật Bản.

Trong nhiều năm qua, khuôn khổ hợp tác Mekong – Nhật Bản ghi nhận, Nhật Bản là nước cung cấp ODA lớn nhất cho Việt Nam. Nhiều dự án đã đóng góp quan trọng vào sự phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam như dự án cầu Nhật Tân, sân bay Nội Bài, sân bay Tân Sơn Nhất, cầu Cần Thơ, cảng Lạch Huyện (Hải Phòng), cảng Cái Mép - Thị Vải (TP. Hồ Chí Minh), đường hầm Hải Vân...

Đồng thời, Hợp tác Mekong - Nhật Bản đã củng cố hơn nữa quan hệ Nhật - Việt toàn diện trên nhiều lĩnh vực. Năm 2017, Nhật Bản đã trở thành nhà đầu tư nước ngoài lớn nhất vào Việt Nam với tổng số vốn FDI là 9,1 tỷ USD và tiếp tục duy trì trong 6 tháng đầu năm 2018 với vốn FDI đạt 6,5 tỷ USD. Số lượng doanh nghiệp Nhật Bản hoạt động ở Việt Nam hiện khoảng 3.100, tăng 40% trong 4 năm qua.

Số doanh nghiệp Nhật Bản với tư cách thành viên Hội doanh nghiệp Nhật Bản tại Việt Nam tính đến tháng 6/2018 là 1.788 doanh nghiệp, đứng đầu trong số các hiệp hội doanh nghiệp Nhật Bản ở các nước Đông Nam Á.

Trong năm 2017, kim ngạch thương mại song phương giữa hai nước đạt 33,84 tỷ USD, quý I/2018 đạt 8,7 tỷ USD. Nhật Bản là đối tác thương mại lớn thứ 4 nhưng là lớn nhất của Việt Nam trong số các nước cùng tham gia Hiệp định Đối tác toàn diện và tiến bộ xuyên Thái Bình Dương (CPTPP).