Trước đó, Tổng cục Hải quan nhận được Công văn số 3214/HQHN-KTSTQ ngày 06/11/2020 của Cục Hải quan TP. Hà Nội về vướng mắc chính sách thuế đối với sản phẩm từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải đối với trường hợp của Công ty TNHH Thương mại dịch vụ môi trường Nguyệt Minh 2 - Vĩnh Phúc.

Để tháo gỡ vướng cho Cục Hải quan TP. Hà Nội, Tổng cục Hải quan đã ban hành Công văn số 1207/TCHQ-TXNK ngày 06/03/2021. Tại công văn này, Tổng cục Hải quan viện dẫn các quy định gồm: Điểm b khoản 19 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 quy định sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải thuộc đối tượng được miễn thuế xuất khẩu;  Khoản 3 Điều 25 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định: “... sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải thực hiện theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường.”.

Bên cạnh đó, là khoản 23 Điều 2 Nghị định số 40/2014/NĐ-CP ngày 13/5/2019 quy định: “Sản phẩm từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải rắn của cơ sở xử lý chất thải (sinh hoạt, công nghiệp và chất thải nguy hại) quy định tại khoản 12 Phụ lục III Mục II Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này là các sản phẩm đã được nêu trong dự án đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký đầu tư của cơ sở xử lý chất thải”; Điểm b khoản 3 Điều 3 Nghị định số 40/2014/NĐ-CP quy định giấy phép xử lý chất thải nguy hại thay thế giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường. 

Căn cứ các quy định nêu trên, Cục Hải quan TP. Hà Nội đối chiếu vào tên sản phẩm trong dự án đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký đầu tư của cơ sở xử lý chất thải (Công ty TNHH Thương mại dịch vụ môi trường Nguyệt Minh 2 - Vĩnh Phúc), đối chiếu với quy định tại khoản 23 Điều 2 Nghị định số 40/2014/NĐ-CP ngày 13/5/2019 để xác định đối tượng được hưởng ưu đãi về thuế xuất khẩu. 

Đối với phần nguyên liệu pha phối không có nguồn gốc từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải đã được sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu, doanh nghiệp thực hiện hạch toán riêng. 

Bên cạnh đó, doanh nghiệp thực hiện kê khai số lượng hàng hóa xuất khẩu tương ứng với số lượng nguyên liệu không có nguồn gốc từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải để nộp thuế xuất khẩu. Trường hợp khi xuất khẩu doanh nghiệp chưa kể khai, nộp thuế thì phải kê khai nộp thuế bổ sung. 

Đồng thời, Tổng cục Hải quan giao Cục Hải quan TP. Hà Nội đánh giá rủi ro việc kê khai của doanh nghiệp. Trường hợp có dấu hiệu nghi vấn thì thực hiện kiểm tra sau thông quan để đảm bảo doanh nghiệp thực hiện kê khai, nộp thuế đúng quy định.