Theo đó, đối với những trường hợp nộp nhầm, nộp thừa thuế GTGT hàng nhập khẩu thuộc thẩm quyền hoàn thuế của cơ quan Hải quan nhưng trước đó cơ quan Hải quan đã xác nhận khoản nộp nhầm, nộp thừa để doanh nghiệp liên hệ với cơ quan Thuế liên quan giải quyết hoàn thuế, thì: Để tránh tình trạng cùng một số tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa nhưng doanh nghiệp được hoàn hai lần, gây thất thu ngân sách, cơ quan Hải quan phải thu hồi lại bản chính văn bản trước đó đã xác nhận khoản thuế nộp nhầm, nộp thừa cho doanh nghiệp.

Trường hợp doanh nghiệp không nộp bản chính văn bản đã xác nhận nêu trên thì đề nghị doanh nghiệp phải có xác nhận của cơ quan Thuế về việc chưa được khấu trừ/hoàn khoản thuế nộp nhầm, nộp thừa.

Những trường hợp khác, cơ quan Hải quan chưa xác nhận cho doanh nghiệp thì không đề nghị doanh nghiệp xin xác nhận của cơ quan Thuế theo đúng tinh thần đã nêu tại những văn bản đã hướng dẫn trước đó.