Theo Tổng cục Thuế, hiện nay, dữ liệu của người nộp thuế đã được thay đổi từ phương thức quản lý phân tán tại các cục thuế sang quản lý tập trung toàn Ngành trên phần mềm TMS. Trên cơ sở dữ liệu này, Tổng cục Thuế đã xây dựng hệ thống các tiêu chí quản lý rủi ro để ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế, kết hợp với các ứng dụng thanh tra, kiểm tra, ứng dụng nhật ký điện tử…, từng bước tiến tới xây dựng và triển khai thanh tra, kiểm tra thuế điện tử trong toàn ngành Thuế.

Đây được coi là xu thế tất yếu trong cải cách hiện đại hóa công tác thanh tra, kiểm tra thuế. Cùng với đó, xu thế đơn giản hóa thủ tục hành chính, giảm thời gian tiếp xúc trực tiếp với người nộp thuế đang được nghiên cứu và triển khai thực hiện trong quản lý thuế. Trong đó, có việc tăng cường công tác kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, giảm tỷ trọng số lượng cuộc thanh tra thuế, tăng tỷ trọng số lượng cuộc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Bên cạnh chức năng kiểm tra thuế, thanh tra, đơn vị thanh tra, kiểm tra thuế còn có chức năng chỉ đạo toàn Ngành thực hiện giải quyết khiếu nại; tố cáo; giám định về thuế; tiếp nhận và xử lý thông tin giao dịch đáng ngờ; thông tin truyền thông phản ánh về hành vi trốn thuế; thông tin, kết luận của Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Chính phủ… Đây là những công việc phức tạp, liên quan đến nhiều bộ ngành, nhiều lĩnh vực, thường phải mất nhiều thủ tục, khâu trình duyệt, dẫn tới thiếu chủ động trong điều hành, phối hợp thực hiện.

Trong khi đó, cơ quan thanh tra, kiểm tra cấp Tổng cục Thuế phải vào cuộc trực tiếp với vai trò vừa là đơn vị chủ trì thực hiện, vừa là đầu mối chỉ huy công tác thanh tra, kiểm tra, kết nối giữa các cục thuế địa phương, kết nối thông tin quản lý của các cục thuế với thông tin trao đổi với các cơ quan thuế nước ngoài, trao đổi với các bộ, ngành khác trong phát hiện, ngăn chặn và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật thuế, các vụ việc trốn, tránh thuế hiện đại, tinh vi tầm cỡ quốc gia và quốc tế. 

Bên cạnh đó, việc hoàn thiện nguyên tắc thanh tra, kiểm tra thuế trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin là một trong các cơ sở pháp lý quan trọng để cơ quan Thuế tiến tới sử dụng hiệu quả nguồn dữ liệu đã có của Ngành và các quy chế trao đổi phối hợp giữa các cơ quan liên quan. Đây cũng là xu thế phát triển chung khi số lượng doanh nghiệp ngày càng tăng lên trong khi nguồn nhân lực cơ quan Thuế có hạn. Nguyên tắc thanh tra, kiểm tra thuế trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin được áp dụng hiệu quả sẽ giảm thời gian và chi phí rất nhiều trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế cũng như trước diễn biến phức tạp của dịch bệnh COVID-19 như hiện nay.

Như vậy, có thể thấy công tác kiểm tra thuế hiện nay là rất quan trọng trong việc đơn giản hóa thủ tục hành chính, tăng cường kiểm soát vi phạm về thuế và góp phần hoàn thành số thu ngân sách được giao của cơ quan thuế. Tuy nhiên, các quy định về kiểm tra thuế vẫn còn rất hạn chế, hiện nay chủ yếu được quy định tại Luật Quản lý thuế năm 2019, phát sinh nhiều vướng mắc khi triển khai thực hiện.

Những vấn đề trên đòi hỏi ngành Thuế phải có một đơn vị độc lập nghiên cứu, xây dựng, quản lý, triển khai và điều hành các ứng dụng thanh tra, kiểm tra thuế điện tử thì mới đảm bảo được tính chuyên sâu, chuyên nghiệp và hiệu quả. Ngày 3/11/2021, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định số 1525/QĐ-TCT quy định chức năng, nhiệm vụ của các Phòng thuộc Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế. 

Với mô hình tổ chức bộ máy cấp Cục được hoàn thiện với cơ cấu các bộ phận chuyên sâu theo chức năng, lĩnh vực, Cục Thanh tra - Kiểm tra hướng tới đổi mới hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế theo hướng thống nhất, hiện đại, chính quy, chuyên nghiệp và hiệu quả. 

Theo ông Vũ Mạnh Cường - Cục trưởng Cục Thanh tra - Kiểm tra Thuế, trong năm 2022, đơn vị tiếp tục xây dựng phương án triển khai công tác thanh tra, kiểm tra linh hoạt, kịp thời ứng phó với diễn biến phức tạp của dịch bệnh COVID-19, đảm bảo hiệu quả, an toàn, phù hợp với các quy định phòng chống dịch. 

Cụ thể, tiếp tục phối hợp với Cục Công nghệ thông tin (Tổng cục Thuế) xây dựng chức năng tiếp nhận thông tin, tài liệu phục vụ thanh, kiểm tra trên Cổng thông tin điện tử ngành Thuế, tạo môi trường giao dịch điện tử trong công tác thanh, kiểm tra thuế, hạn chế tiếp xúc với người nộp thuế; ưu tiên tiếp nhận hồ sơ, tài liệu, thông tin giải trình người nộp thuế gửi qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, email của cơ quan thuế, đảm bảo công tác phòng, chống dịch bệnh COVID-19. 

Bên cạnh đó, tập trung xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp có tăng trưởng, ít bị ảnh hưởng của dịch COVID-19 mà có rủi ro cao về thuế. Đồng thời, tăng cường công tác kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo phương thức quản lý rủi ro; ứng dụng công nghệ thông tin để phân tích, kiểm tra hồ sơ khai thuế nhằm phát hiện và xử lý kịp thời, hiệu quả các vi phạm về thuế.

Cùng với tăng cường giao dịch điện tử trong thanh tra, kiểm tra qua việc triển khai và đẩy mạnh trao đổi thông tin, dữ liệu qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế cũng chỉ đạo các đoàn thanh tra, kiểm tra tập trung phân tích chuyên sâu thông qua các báo cáo  doanh nghiệp trên các ứng dụng của ngành Thuế và thông tin thu thập để hạn chế tiếp xúc và giảm thời gian làm việc trực tiếp để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp.

Tăng cường thu thập thông tin, số liệu của người nộp thuế trên hệ thống thông tin ngành Thuế như hồ sơ về đăng ký, kê khai, nộp thuế, báo cáo sử dụng hóa đơn, báo cáo tài chính và thông tin thu thập từ bên thứ ba kết hợp với công tác quản lý thuế trực tiếp trên địa bàn để phân tích chuyên sâu đối với trường hợp có rủi ro cao.