Như vậy, 2 cảng vụ hàng hải sẽ là 2 đơn vị đầu tiên trong tổng số 25 cảng vụ hàng hải trên cả nước thực hiện thủ tục qua NSW. 3 thủ tục hành chính được thực hiện gồm: Thủ tục với tàu biển xuất cảnh, nhập cảnh và quá cánh.

Để đảm bảo hiệu quả triển khai NSW, Bộ Giao thông vận tải cho rằng rất cần sự tham gia, phối hợp thực hiện thủ tục hành chính một cách chặt chẽ, nhanh chóng, đồng bộ giữa các bộ, ngành liên quan gồm: Tài chính, Giao thông vận tải, Y tế, Quốc phòng, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Theo phân tích của Bộ Giao thông vận tải, để giải quyết 3 thủ tục hành chính nêu trên cần việc xử lí của 5 bộ nêu trên. Trong đó, Cảng vụ (Bộ Giao thông vận tải) sẽ xử lí thông tin của các loại giấy tờ: Bản khai chung; danh sách thuyền viên; bản khai hàng hóa nguy hiểm; giấy phép rời cảng; bản khai an ninh tàu biển.

Cơ quan Hải quan (Bộ Tài chính) sẽ xử lí thông tin liên quan đến: Bản khai chung; danh sách thuyền viên; bản khai hàng hóa; bản khai hàng hóa nguy hiểm; bản khai dự trữ của tàu; bản khai hành lí thuyền viên.

Lực lượng Biên phòng (Bộ Quốc phòng) xử lí thông tin của: Bản khai chung; danh sách thuyền viên; danh sách hành khách.

Cơ quan Kiểm dịch (của Bộ Y tế và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) sẽ xử lí: Giấy khai báo y tế hàng hải; bản khai kiểm dịch thực vật; bản khai kiểm dịch động vật.

Mới đây, Bộ Giao thông vận tải đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ: Quốc phòng, Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tham gia xử lí thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hàng hải (như đề cập ở trên) thông quan phương thức điện tử tại Cổng thông tin điện tử NSW ngay từ giai đoạn 1 (theo kế hoạch, 3 bộ này sẽ thực hiện ở giai đoạn 2, giai đoạn 1 triển khai ở 3 bộ: Tài chính, Công Thương và Giao thông vận tải).

Đồng thời đề nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ, ngành liên quan tập trung nguồn lực triển khai Cơ chế một cửa quốc gia (NSW), không thực hiện thí điểm riêng lẻ ở từng bộ, ngành để tránh chồng chéo, không thống nhất.

Ngoài ra, Bộ Giao thông vận tải cũng đề nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Giao thông vận tải và các bộ, ngành liên quan sửa đổi quy định tại điểm c khoản 1 Điều 1 của Quyết định 48/2011/QĐ-TTg năm 2011 của Thủ tướng Chính phủ về thí điểm NSW theo hướng cơ quan Nhà nước có liên quan sẽ ra quyết định cuối cùng để thông quan với phương tiện, hàng hóa cho phù hợp (trên cơ sở giải quyết thủ tục hành chính của các bộ, ngành). Ví dụ, cảng vụ hàng hải là cơ quan ra quyết định cuối cùng với tàu thuyền xuất cảnh, nhập cảnh và quá cảnh.

Liên quan đến thực hiện thủ tục với tàu biển xuất cảnh, nhập cảnh và quá cảnh tại Hải Phòng và TP. Hồ Chí Minh, Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) và Bộ Giao thông vận tải đang gấp rút hoàn thiện các công việc liên quan (về cơ sở hạ tầng kĩ tuật, quy trình tiếp nhận, xử lí thông tin và trả kết quả giải quyết…) để có thể thực hiện vào cuối tháng 11 và triển khai chính thức vào tháng 12-2014.