Ngày 03/05/2013, Văn phòng Chính phủ đã có công văn số 3429/VPCP-KTTH. Tại công văn có nêu: "… thay mặt Thủ tướng Chính phủ, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh giao Bộ Tài chính căn cứ vào quy định và tình hình thực tế để xử lý".

Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở ý kiến tham gia thống nhất của các Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Xây dựng và Ủy ban nhân dân tỉnh Hải Dương, Bộ Tài chính đề nghị Ủy ban nhân dân tỉnh Hải Dương chỉ đạo Cục Thuế tỉnh Hải Dương chủ trì phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Hải Dương, Ban Quản lý Khu công nghiệp và các đơn vị chức năng của tỉnh Hải Dương rà soát hồ sơ thủ tục khi trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt dự án đầu tư xây dựng khu công nghiệp Đại An của Công ty cổ phần Đại An và kiểm tra tình hình sản xuất kinh doanh, sổ sách kế toán của doanh nghiệp của các năm tài chính liên quan.

Trường hợp kết quả xác định rõ đây là dự án đầu tiên của Công ty cổ phần Đại An, Công ty cổ phần Đại An có văn bản xin đầu tư từ ngày 11/04/2002, Ủy ban nhân dân tỉnh Hải Dương có văn bản chấp thuận ngày 29/04/2002, Thủ tướng Chính phủ có văn bản phê duyệt ngày 2/7/2002, đồng thời trước khi có dự án đầu tư xây dựng Khu công nghiệp Đại An, đơn vị chỉ có 01 hợp đồng xây lắp Nhà máy bánh kẹo Bảo Ngọc và hoạt động xây lắp này Công ty chưa kê khai miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp thì Công ty được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện mới thành lập đối với hoạt động kinh doanh cơ sở hạ tầng Khu công nghiệp (đối với dự án đầu tư xây dựng hạ tầng và phát triển Khu công nghiệp Đại An) theo các quy định về pháp luật đầu tư và pháp luật về thuế và sẽ được chuyển tiếp ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian ưu đãi còn lại nếu thực tế Công ty đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư theo quy định tại Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ và Nghị định số 152/2004/NĐ-CP ngày 06/08/2004 của Chính phủ.