Theo báo cáo của các tỉnh, thành phố, đến cuối năm 2014, cả nước có 319 công ty nông, lâm nghiệp đã được sắp xếp lại, trong đó có 116 đơn vị Trung ương quản lý, 203 đơn vị do địa phương quản lý. Sau khi sắp xếp, các công ty nông, lâm nghiệp quản lý và sử dụng gần 2,8 triệu ha đất. Trong đó 74 công ty chuyển sang thuê đất theo quy định, với tổng diện tích 460 nghìn ha. Số doanh nghiệp và diện tích đất còn lại đang sử dụng dưới hình thức Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất. Đất đai tại một số nông, lâm trường được quản lý và sử dụng hiệu quả hơn bởi sau khi rà soát, sắp xếp các công ty nông lâm trường đều phải tiến hành xây dựng phương án sử dụng đất phù hợp với phương án sản xuất kinh doanh.

Bên cạnh kết quả trên vẫn còn một số tồn tại là nhiều nơi có hàng trăm ha không được đơn vị nào quản lý, hiệu quả sản xuất kinh doanh của nhiều công ty nông, lâm trường còn thấp. Một trong những nguyên nhân là do cơ chế chính sách về sắp xếp, đổi mới, quản lý tài chính còn thiếu và chưa rõ ràng.

Để giải quyết tồn tại, bất cập này Chính phủ đã ban hành Nghị định số 118/2014/NĐ-CP về sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty nông, lâm nghiệp. Theo đó, Nghị định đã đưa ra các nguyên tắc sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty nông, lâm nghiệp cụ thể như:

Đối với các công ty nông nghiệp, Chính phủ xác định trong Nghị định là duy trì, củng cố, phát triển và tái cơ cấu công ty nông nghiệp Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ gồm các công ty nông nghiệp tại các địa bàn chiến lược, vùng biên giới, vùng sâu, vùng xa gắn với nhiệm vụ quốc phòng, an ninh.

Chuyển công ty nông nghiệp Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ thành công ty cổ phần, Nhà nước nắm giữ cổ phần chi phối đối với công ty nông nghiệp có ngành nghề kinh doanh chính là trồng, chế biến cao su tại các địa bàn chiến lược, vùng sâu, vùng xa gắn với quốc phòng, an ninh. Thủ tướng Chính phủ quyết định cụ thể tỷ lệ nắm giữ vốn nhà nước ở từng công ty khi phê duyệt phương án sắp xếp của bộ, ngành, UBND tỉnh và tập đoàn, tổng công ty nhà nước. Chuyển công ty nông nghiệp Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ thành công ty cổ phần, Nhà nước không giữ cổ phần chi phối hoặc không nắm giữ cổ phần đối với các công ty nông nghiệp không thuộc đối tượng quy định trên.

Mặt khác, Nghị định cũng quy định việc thành lập công ty TNHH hai thành viên trở lên trên cơ sở sắp xếp, đổi mới công ty nông nghiệp Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ nhằm thực hiện gắn kết phát triển vùng nguyên liệu và người dân trong vùng với phát triển công nghiệp chế biến và thị trường; phù hợp với chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của địa phương và bảo đảm quyền lợi của người lao động.

Đối với các công ty lâm nghiệp, duy trì, củng cố, phát triển và tái cơ cấu công ty lâm nghiệp có diện tích rừng sản xuất là rừng tự nhiên giàu và trung bình từ 70% diện tích đất được giao, thuê trở lên và đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt phương án quản lý rừng bền vững, được cấp chứng chỉ rừng quốc tế về quản lý rừng bền vững thực hiện nhiệm vụ sản xuất kinh doanh sau khi được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận. Duy trì, củng cố, phát triển và tái cơ cấu công ty lâm nghiệp có diện tích rừng sản xuất là rừng tự nhiên chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt phương án quản lý rừng bền vững và chưa được cấp chứng chỉ rừng quốc tế về quản lý rừng bền vững, rừng phòng hộ, rừng đặc dụng từ 70% diện tích đất được giao, thuê trở lên thực hiện nhiệm vụ sản xuất và cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích. Chuyển thành ban quản lý rừng phòng hộ hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp công lập có thu đối với công ty lâm nghiệp Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ có diện tích rừng phòng hộ tập trung từ 70% diện tích đất được giao, thuê trở lên. Việc tổ chức quản lý, bảo vệ và phát triển rừng phòng hộ thực hiện theo Quy chế quản lý rừng phòng hộ.

Cùng với các quy định về sắp xếp đổi mới trên, Nghị định khá “mạnh tay” với các công ty nông, lâm nghiệp làm ăn thua lỗ 3 năm liên tiếp. Theo đó, các công ty nông, lâm nghiệp kinh doanh thua lỗ 3 năm liên tiếp vì lý do chủ quan của công ty và có số lỗ lũy kế bằng 3/4 vốn nhà nước tại công ty trở lên; khoán trắng, giao khoán đất nhưng không quản lý được đất đai và sản phẩm trên diện tích chiếm từ 3/4 tổng diện tích đất công ty được giao, thuê... sẽ phải giải thể.

Về quản lý giao đất, cho thuê đất, thu hồi đất: Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất cho các công ty nông, lâm nghiệp (đối với đất rừng phòng hộ, đất rừng đặc dụng và đất có rừng sản xuất là rừng tự nhiên). Đất không thuộc đối tượng trên được Nhà nước cho thuê. Thực hiện miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai và pháp luật về đầu tư.

Các công ty nông, lâm nghiệp có diện tích đất bị thu hồi (trường hợp công ty bị giải thể; thu hẹp nhiệm vụ không còn nhu cầu sử dụng; đất không sử dụng, đất công ty đang khoán trắng, sử dụng không đúng mục đích; diện tích đất đã chuyển nhượng; diện tích đất đã bán vườn cây; đất kết cấu hạ tầng không phục vụ sản xuất…) phải bàn giao toàn bộ hồ sơ về quỹ đất bị thu hồi cho UBND cấp tỉnh nơi có đất. Trường hợp công ty nông, lâm nghiệp giải thể thì UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh lập phương án bố trí lại diện tích đất ở thành khu dân cư trình UBND cấp tỉnh phê duyệt.

Về quản lý, sử dụng rừng: Công ty nông, lâm nghiệp được Nhà nước bảo đảm kinh phí để bảo vệ và phát triển rừng phòng hộ, đặc dụng trong địa giới công ty theo phương thức đặt hàng, giao kế hoạch hoặc được hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh của công ty. Công ty thực hiện bảo vệ và phát triển rừng theo quy chế quản lý rừng sản xuất, các hoạt động sản xuất kinh doanh thực hiện theo cơ chế thị trường đối với diện tích rừng sản xuất là rừng trồng trong địa giới của công ty.

Nhà nước đầu tư phát triển rừng trồng trên diện tích đất được quy hoạch là rừng phòng hộ, rừng đặc dụng. Thực hiện định giá rừng sản xuất là rừng trồng làm cơ sở giao vốn, thực hiện cổ phần hóa, liên doanh, liên kết, thế chấp vay vốn.

Đối với rừng sản xuất là rừng tự nhiên nhưng chưa được phê duyệt phương án quản lý rừng bền vững và chưa được cấp chứng chỉ rừng quốc tế về quản lý rừng bền vững, rừng sản xuất là rừng tự nhiên nghèo có khả năng phục hồi trong thời gian chưa được khai thác: Thực hiện nhiệm vụ công ích theo phương thức đặt hàng, giao kế hoạch hàng năm hoặc được hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh của công ty.

Về chính sách tài chính, Nhà nước đảm bảo đủ vốn điều lệ đối với công ty nông, lâm nghiệp được tiếp tục duy trì, củng cố và phát triển do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Mức vốn điều lệ điều chỉnh lại được xác định bằng vốn điều lệ đã được duyệt cộng với tối đa là 50% tổng nhu cầu vốn đầu tư, vốn luân chuyển cho hoạt động sản xuất kinh doanh theo kế hoạch đầu tư phát triển và kế hoạch sản xuất kinh doanh 5 năm hoặc trong quy hoạch phát triển ngành được cấp có thẩm quyền phê duyệt và được xác định tối thiểu cho 3 năm kể từ năm quyết định điều chỉnh vốn điều lệ. Đồng thời, Nhà nước bảo đảm đủ vốn góp trong các công ty cổ phần mà Nhà nước giữ cổ phần chi phối theo phương án được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Ngân sách địa phương đảm bảo kinh phí rà soát, đo đạc, cắm mốc, lập bản đồ địa chính và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các công ty nông, lâm nghiệp. Ngân sách trung ương hỗ trợ một phần cho các địa phương có khó khăn về ngân sách.

Doanh thu từ bán gỗ khai thác rừng tự nhiên, rừng trồng, nguồn thu từ chi trả dịch vụ môi trường rừng và các nguồn thu từ sản xuất kinh doanh khác được sử dụng để thanh toán các chi phí hợp lý, đầu tư phát triển rừng, thực hiện nghĩa vụ tài chính với Nhà nước và trích lập các quỹ của công ty theo quy định của pháp luật.

Nhà nước hỗ trợ 30% tổng kinh phí đầu tư mới để thực hiện dự án sản xuất thử nghiệm; hỗ trợ 30% đầu tư cho dự án của công ty nông, lâm nghiệp ứng dụng công nghệ mới vào trồng trọt, chăn nuôi, trồng rừng cung cấp gỗ nguyên liệu công nghiệp, gỗ lớn, chế biến nông, lâm sản; xây dựng vườn giống, rừng giống, chuyển giao các loại giống cây trồng có năng suất, chất lượng cao để đưa vào sản xuất kinh doanh.

Công ty nông, lâm nghiệp được tham gia các chương trình chuyển đổi giống cây trồng, vật nuôi; chuyển giao kỹ thuật ở vùng miền núi; các chương trình khuyến nông, khuyến lâm của Nhà nước. Công ty nông, lâm nghiệp ứng dụng công nghệ cao vào sản xuất nông, lâm nghiệp, chế biến nông, lâm, thủy sản, sản xuất giống được hưởng các ưu đãi theo quy định của Luật Công nghệ cao năm 2008.

Triển khai Nghị quyết số 30-NQ/TW ngày 12/3/2014 của Bộ Chính trị, Quyết định số 686/QĐ-TTg ngày 11/5/2014 của Thủ tướng Chính phủ về tiếp tục sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty nông, lâm trường; đồng thời ban hành cùng thời điểm Nghị định 118/2014/NĐ-CP, ngày 26/12/2014, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 207/2014/TT-BTC quy định về xác định tiền thuê đất đối với công ty nông, lâm nghiệp sử dụng đất vào mục đích sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản. Thông tư này quy định bổ sung đối tượng là các nông, lâm trường quốc doanh chưa thực hiện chuyển đổi thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên nông, lâm nghiệp thuộc sở hữu nhà nước nhưng được thực hiện sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động theo quy định tại Điều 26 Nghị định số 118/2014/NĐ-CP của Chính phủ.