Theo thống kê của Bộ Kế hoạch - Đầu tư, cả nước hiện có 297 khu công nghiệp đã được thành lập. Trong đó, 208 khu đã đi vào hoạt động; 89 khu đang thực hiện đền bù giải phóng mặt bằng và xây dựng cơ bản. Giai đoạn 2011-2013, các doanh nghiệp khu công nghiệp đã đóng góp tích cực, nộp ngân sách khoảng 5,2 tỷ USD. Riêng năm 2013, bình quân các khu công nghiệp đã tạo ra giá trị sản xuất công nghiệp 3,8 triệu USD/ha đất khu công nghiệp đã cho thuê. Trong số các khu công nghiệp đã đi vào hoạt động, có 158 khu công nghiệp đã hoàn thành đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung. 24% khu công nghiệp còn lại chưa xây dựng hoặc có triển khai nhưng chưa hoàn thành và đáp ứng yêu cầu xử lý nước thải khu công nghiệp. Riêng năm 2014, đã thu được khoảng 47 tỷ đồng phí bảo vệ môi trường đối với nước thải khu công nghiệp. Một số địa phương được đánh giá đã cơ bản triển khai hiệu quả công tác thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải. Tuy nhiên, hệ thống xử lý nước thải ở các khu công nghiệp tại nhiều địa phương chưa được quan tâm đầu tư, hiệu quả xử lý còn thấp, gây ô nhiễm nặng nề cho môi trường.

Nguyên nhân của tình trạng này, phần lớn do địa điểm bố trí, quy mô và loại hình sản xuất của nhiều khu công nghiệp, cụm công nghiệp chưa hợp lý, ảnh hưởng đến đời sống của dân cư địa phương và chất lượng môi trường, sinh thái trong vùng. Quy hoạch phát triển các khu công nghiệp còn manh mún, chưa có sự điều phối chung, thậm chí còn xảy ra tình trạng cạnh tranh giữa các địa phương làm cho các khu công nghiệp phát triển thiếu đồng bộ. Tỷ lệ lấp đầy và hiệu quả khai thác của nhiều khu công nghiệp còn kém, thiếu nguồn lực phát triển cần thiết và thiếu sự kết nối liên tỉnh, liên vùng và xuyên quốc gia. Bên cạnh đó, theo các chuyên gia của Viện Khoa học và kỹ thuật môi trường, các khu công nghiệp thiếu nhà máy xử lý nước thải chủ yếu do nhà đầu tư chưa ý thức đầy đủ trách nhiệm về công tác xử lý chất thải, nguồn vốn đầu tư cho bảo vệ môi trường còn hạn chế, chỉ tập trung giảm giá thành sản phẩm, ưu tiên tăng lợi nhuận tài chính và hơn hết là chế tài xử phạt vi phạm chưa đủ mạnh, thiếu tính răn đe. Hơn nữa, các doanh nghiệp kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp vẫn khó tiếp cận các nguồn vốn thích hợp để đầu tư xây mới và mở rộng các khu xử lý nước thải tập trung. Trên thực tế, nếu chỉ dựa vào nguồn thu từ phí thu gom, xử lý nước thải thì chủ đầu tư hạ tầng các khu công nghiệp khó có thể bù đắp được các chi phí cho việc xây dựng và vận hành hệ thống xử lý nước thải tại khu công nghiệp. Tình trạng phổ biến là các trạm xử lý nước thải lại thường phải được xây dựng trước khi các doanh nghiệp quyết định đầu tư vào khu công nghiệp. Công tác quản lý, thanh tra, giám sát năng lực của chủ đầu tư và việc thực hiện các hạng mục được phê duyệt theo báo cáo đánh giá tác động môi trường chưa chặt chẽ. Việc khắc phục hậu quả ô nhiễm môi trường tại các khu công nghiệp còn kém hiệu quả; phương tiện, thiết bị phục vụ quan trắc ô nhiễm nước thải công nghiệp còn lạc hậu.

Để đạt mục tiêu đến hết năm 2015, tỷ lệ khu công nghiệp đang hoạt động có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt tiêu chuẩn môi trường là 82%, chính quyền địa phương và các cơ quan liên quan cần có chính sách tăng cường, khẩn trương triển khai hiệu quả việc xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung đối với các khu công nghiệp đang hoạt động. Các công ty đầu tư kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp, khu chế xuất và các doanh nghiệp chấp hành nghiêm pháp luật về bảo vệ môi trường trong khu công nghiệp; phải có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt tiêu chuẩn môi trường ngay khi bắt đầu hoạt động. Đối với các khu công nghiệp đang hoạt động mà chưa xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung phải khẩn trương xây dựng kế hoạch chi tiết, huy động nguồn vốn thích hợp để triển khai đầu tư. Các chủ đầu tư quản lý hạ tầng kỹ thuật khu công nghiệp xem xét cấp phép, tiếp nhận các dự án có công nghệ sản xuất hiện đại, ít gây ô nhiễm, công nghệ sản xuất sạch, công nghệ thân thiện môi trường; thỏa thuận với các nhà thầu về chất lượng nước đầu vào trạm xử lý, các biện pháp kiểm tra, xử lý sự cố. Yêu cầu các doanh nghiệp định kỳ báo cáo kết quả quan trắc kiểm soát chất lượng nước thải, khí thải, tình hình quản lý chất thải nguy hại cho cơ quan quản lý môi trường.

Nếu để các doanh nghiệp, quản lý khu công nghiệp nhắm mắt làm liều, chỉ tập trung lợi ích kinh doanh trước mắt mà không chú trọng xử lý nước thải và vệ sinh môi trường, tất yếu các khu công nghiệp sẽ trở thành bom hẹn giờ, nguy cơ phá vỡ sự bền vững của môi trường sinh thái.