Tuy nhiên, hiện nay doanh nghiệp ứng dụng KH&CN và đổi mới sáng tạo nhằm nâng cao năng suất còn không ít khó khăn, hạn chế. Cụ thể:

Thứ nhất, vấn đề đầu tư cho KH&CN

Doanh nghiệp nhỏ và vừa vẫn chiếm chủ yếu trong cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam. Tiềm lực dành cho KH&CN của các doanh nghiệp này còn hạn chế.

Đặc biệt, các doanh nghiệp còn phải đối mặt với các vấn đề chi phí khác như cơ sở vật chất, hạ tầng, vận chuyển, mặt bằng kinh doanh… Do vậy, sử dụng chi phí để ứng dụng KH&CN trong sản xuất kinh doanh vẫn là bài toán khó đối với các doanh nghiệp.

Việc thành lập Quỹ Phát triển KH&CN đã được nhiều doanh nghiệp thực hiện bắt buộc, nhất là các doanh nghiệp nhà nước. Với những doanh nghiệp lớn hay các tập đoàn kinh tế, các tổng công ty, quy mô của Quỹ Phát triển KH&CN chắc chắn sẽ rất lớn và có thể sử dụng cho nhiều mục đích nghiên cứu.

Tuy nhiên, trên thực tế, mức độ giải ngân của Quỹ Phát triển KH&CN còn tồn tại một số hạn chế như: Việc đầu tư còn khiêm tốn, chỉ tập trung cho một số ít các hoạt động có tính chất nghiên cứu; chi phí thay thế, đổi mới công nghệ để sản xuất, kinh doanh còn hạn chế.

Thứ hai, vấn đề thị trường hóa các sản phẩm KH&CN

Hiện nay, các chính sách hỗ trợ dành cho doanh nghiệp vẫn mới chỉ dừng lại ở khâu tạo ra những kết quả KH&CN mà chưa đi vào chuyên sâu để hỗ trợ tối đa cho doanh nghiệp trong việc phát triển và tìm kiếm thị trường cho những sản phẩm tạo ra, những sản phẩm được ứng dụng nhiều nhờ áp dụng các công nghệ cao, công nghệ tiên tiến.

Trong khi đó, các vấn đề về thương mại hóa cho các sản phẩm từ ứng dụng KH&CN cũng tiềm ẩn nhiều rủi ro, trong đó có cả những vấn đề rủi ro về mặt pháp lý trong việc chuyển giao tài sản lĩnh vực KH&CN.

Các vấn đề về việc vi phạm sở hữu trí tuệ vẫn chưa có chế tài xử lý một cách triệt để bởi tình trạng các sản phẩm nước ngoài, đặc biệt là những nước có nền sản xuất tiên tiến thâm nhập mạnh mẽ vào thị trường của Việt Nam và cạnh tranh gay gắt với các sản phẩm của doanh nghiệp trong nước.

Một vấn đề nữa đặt ra là thị trường KH&CN còn phát triển chậm, ít tổ chức trung gian có kinh nghiệm, uy tín để gắn kết cung - cầu cho sản phẩm KH&CN.

Thứ ba, vấn đề năng lực hấp thụ, ứng dụng công nghệ của doanh nghiệp trong nước 

Hiệu quả hoạt động của khu vực kinh tế ngoài nhà nước còn hạn chế. Trong khi đó, khu vực kinh tế tư nhân phần lớn là doanh nghiệp nhỏ và vừa, hạn chế về tiếp cận và ứng dụng công nghệ trong sản xuất, tiếp cận tín dụng, thiếu lao động có kỹ năng.

Dù mong muốn hợp tác và học hỏi, tiếp nhận chuyển giao công nghệ từ các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, doanh nghiệp Việt Nam vẫn gặp rất nhiều khó khăn để có thể tham gia vào chuỗi cung ứng toàn cầu.

Việc tiếp nhận và chuyển giao công nghệ từ khu vực doanh nghiệp đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) sang doanh nghiệp trong nước nhằm nâng cao năng suất lao động thời gian qua còn thấp.

Doanh nghiệp trong nước chủ yếu mới tham gia ở các khâu tạo giá trị gia tăng thấp như gia công, lắp ráp, không chủ động được nguồn cung cho sản xuất, nhất là các sản phẩm phải nhập khẩu nguyên phụ liệu (dệt, may mặc, da giày, điện tử, hóa chất…), trong khi đây là những ngành thâm dụng lao động.

Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và doanh nghiệp Việt Nam chưa tạo được mối liên kết với nhau trong việc cùng tham gia những chuỗi giá trị.

Trình độ lao động của các doanh nghiệp trong nước còn hạn chế là một trong những rào cản lớn khiến cho sự bắt nhịp và tương đồng với các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài trở nên khập khiễng.

Một vấn đề quan trọng khác là các doanh nghiệp của Việt Nam, nhất là những doanh nghiệp nhỏ và vừa còn chậm cải tiến, chuyển đổi khiến cho sự liên kết và duy trì quan hệ kinh doanh bị cản trở…