Bộ Tài chính vừa có văn bản hướng dẫn các cục hải quan tỉnh, thành phố thực hiện Quyết định số 01/2025/QĐ-TTg ngày 3/1/2025 của Thủ tướng Chính phủ về việc thu thuế GTGT với hàng hoá nhập khẩu trị giá thấp thuộc nhóm 2 quy định tại Thông tư số 56/2019/TT-BTC ngày 23/8/2019 của Bộ Tài chính gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh. 

Theo các quy định hiện hành, hàng hóa nhập khẩu trị giá thấp gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh không được miễn thuế GTGT kể từ ngày 18/02/2025. Việc kê khai, nộp thuế GTGT đối với hàng hoá nhập khẩu trị giá thấp được thực hiện theo quy định tại Luật Thuế GTGT và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan.

Việc miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nhập trị giá thấp gửi qua dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh thực hiện theo quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP của Chính phủ.

Để thực hiện thống nhất quy định trên, Bộ Tài chính đã hướng dẫn cụ thể về khai hải quan, theo dõi nghĩa vụ thuế, phí hải quan đối với tờ khai trị giá thấp. Theo đó, với hàng hóa nhập khẩu nhóm 2 gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế vận chuyển qua đường không, đường biển, doanh nghiệp chuyển phát nhanh thực hiện khai hải quan theo phương thức điện tử trên Hệ thống VNACCS (tờ khai hàng hóa nhập khẩu trị giá thấp - Tờ khai MIC) theo quy định hiện hành.

Doanh nghiệp chuyển phát nhanh thực hiện tính thuế GTGT phải nộp và xuất trình cho cơ quan hải quan theo Mẫu số 02-BKTKTGT Phụ lục I Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư số 56/2019/TT-BTC ngày 23/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, trong đó bổ sung thêm dòng “Tổng trị giá hải quan”, “Thuế suất thuế GTGT” và dòng “Số tiền thuế GTGT”.

Cơ quan hải quan căn cứ bảng kê tính thuế theo do doanh nghiệp chuyển phát nhanh xuất trình để cập nhật nghĩa vụ thuế phải nộp vào Hệ thống kế toán thuế tập trung. Cơ quan hải quan căn cứ giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước để cập nhật nghĩa vụ thuế hoặc thực hiện hạch toán trừ vào số tiền nộp trước tại tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hoặc trừ lùi bảo lãnh chung theo quy định tại Thông tư số 191/2015/TT-BTC ngày 24/11/2015 của Bộ Tài chính và xác nhận trên bảng kê Mẫu số 02-BKTKTGT để xác nhận hàng qua khu vực giám sát. 

Đối với hàng hóa nhập khẩu nhóm 2 gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế vận chuyển qua đường bộ, đường sắt, doanh nghiệp chuyển phát nhanh thực hiện khai tờ khai hải quan theo mẫu HQ/2015/NK ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.

Trong đó, tại chỉ tiêu ô số 18 trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu doanh nghiệp khai tên hàng đại diện cho lô hàng và số file đính kèm HYS (Bản kê chi tiết hàng hóa - Doanh nghiệp chuyển phát nhanh thực hiện tính thuế GTGT phải nộp theo Bảng kê chi tiết hàng hóa đính kèm công văn số 6110/TCHQ-GSQL ngày 24/11/2023). Tại chỉ tiêu ô số 29 thuế GTGT, “Trị giá tính thuế”  là “Tổng trị giá hải quan”; “Thuế suất (%)/Mức thuế”  là “mức thuế GTGT theo quy định”; “Tiền thuế là “tổng số tiền thuế phải nộp theo mức thuế GTGT”. 

Cơ quan hải quan căn cứ thông tin nghĩa vụ phải nộp theo tờ khai hải quan để cập nhật vào Hệ thống kế toán theo quy định và thực hiện xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế theo hướng dẫn.

Đối với hàng hóa nhập khẩu có mức thuế GTGT (5%, 8%, 10%) và không chịu thuế GTGT, doanh nghiệp lập các bảng kê hàng hóa nhập khẩu có cùng mức thuế GTGT. 

Bộ Tài chính cũng hướng dẫn rõ về biên lai thu thuế, phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của các doanh nghiệp chuyển phát nhanh. Theo đó, doanh nghiệp chuyển phát nhanh sử dụng biên lai theo quy định tại Phụ lục I Thông tư số 178/2011/TT-BTC ngày 08/12/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc tạo, phát hành, sử dụng và quản lý biên lai thu thuế và lệ phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của các doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ chuyển phát nhanh đường hàng không quốc tế. 

Nếu doanh nghiệp có hệ thống tin học đáp ứng sử dụng biên lai điện tử để giao cho khách hàng theo quy định của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 123/2020/NĐ-CP thì thực hiện thông báo phát hành biên lại với cơ quan hải quan theo quy định tại Thông tư số 178/2011/TT-BTC để thực hiện phát hành biên lai điện tử. 

Bộ Tài chính yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố quán triệt nội dung hướng dẫn đến các Chi cục Hải quan trực thuộc và niêm yết công khai tại các địa điểm làm thủ tục hải quan.