Theo quy định tại Thông tư số 68/2019/TT-BTC ngày 30/9/2019 Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 119/2018/NĐ-CP ngày 12/9/2018/của Chính phủ quy định về hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, trước khi xử lý sai sót trên hóa đơn điện tử, kế toán cần xác định 2 vấn đề sau để việc xử lý được chính xác: Đơn vị đang sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực hay không hay không có mã xác thực của cơ quan thuế; Khi phát hiện sai sót, hóa đơn điện tử đó đã được bên bán và bên mua kê khai thuế hay chưa.

Cụ thể, trường hợp người bán phát hiện hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế chưa gửi cho người mua có sai sót. Người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế về việc hủy hóa đơn; lập hóa đơn điện tử mới, ký số, ký điện tử gửi cơ quan thuế để cấp mã hóa đơn mới thay thế hóa đơn đã lập để gửi cho người mua. Trường hợp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế đã gửi cho người mua phát hiện có sai sót thì xử lý như sau:

Một là, sai sót về tên, địa chỉ của người mua nhưng không sai mã số thuế, các nội dung khác không sai, khi đó người bán thông báo cho người mua; thông báo với cơ quan thuế; đồng thời, không phải lập lại hóa đơn.

Hai là, sai về mã số thuế, về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế, hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng. Trường hợp này, người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót; Người bán thông báo với cơ quan thuế về việc hủy hoá đơn điện tử và lập hóa đơn điện tử mới thay thế. Sau khi nhận được thông báo, cơ quan thuế thực hiện hủy hóa đơn điện tử đã được cấp mã có sai sót lưu trên hệ thống của cơ quan thuế. Người bán ký số, ký điện tử trên hóa đơn điện tử mới thay thế sau đó người bán gửi cơ quan thuế để cơ quan thuế cấp mã cho hóa đơn điện tử mới. 

Trong trường hợp cơ quan thuế phát hiện hóa đơn điện tử đã được cấp mã có sai sót thì cơ quan thuế thông báo cho người bán để người bán kiểm tra sai sót. Trong thời gian 02 ngày kể từ ngày nhận được thông báo của cơ quan thuế, người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo mẫu về việc hủy hóa đơn điện tử có mã đã lập có sai sót và lập hóa đơn điện tử mới, ký số, ký điện tử gửi cơ quan thuế để cấp mã hóa đơn điện tử mới để gửi cho người mua.

Nếu người bán không thông báo với cơ quan thuế thì cơ quan thuế tiếp tục thông báo cho người bán về sai sót của hóa đơn đã được cấp mã để người bán thực hiện điều chỉnh hoặc hủy hóa đơn. Hóa đơn điện tử đã hủy không có giá trị sử dụng nhưng vẫn được lưu trữ để phục vụ tra cứu.