Thỏa thận này cho phép Apple kê khai thuế từ hai công ty con Apple Sales International và Apple Operations Europe với mức thuế suất cực thấp, chỉ 1% trên số lãi mà hãng kiếm được tại Châu Âu vào năm 2003 và giảm còn 0,005% vào năm 2014.

EC cho rằng việc này khiến Apple được hưởng những ưu đãi quá nhiều so với các doanh nghiệp và số tiền thuế Apple đã nộp "không tương xứng với tình hình kinh tế thực sự". Apple cho biết họ sẽ kháng cáo.

Ireland cũng không đồng tình với yêu cầu của EC và sẽ phản đối nhằm "bảo vệ sự toàn vẹn của hệ thống thuế, đảm bảo sự chắc chắn về thuế cho các doanh nghiệp, và thách thức cách mà EU ban hành các điều lệ lên những quốc gia thành viên liên quan tới thuế".

Margrethe Vestager, Ủy viên EC chuyên về cạnh tranh, nói rằng các nước thành viên Liên minh Châu Âu không được phép ưu đãi thuế cho các công ty vì điều đó trái với pháp luật chung của EU.

Ngoài Apple, EC cũng đang triển khai chiến dịch truy thu nhắm vào các công ty đa quốc gia để buộc họ phải trả lại khoản tiền thuế có thể đã "lách luật" trong nhiều năm qua.Starbucks và Fiat cũng bị dính vào vụ việc với mức thuế mà EC đang yêu cầu trả lên tới 30 triệu Euro cho hai trụ sở đặt tại Hà Lan và Luxembourg, cả hai công ty đều đã kháng cáo.

Một thỏa thuận thuế giữa Amazon và Luxembourg cũng đã bị EC chú ý đến vì nó cho phép Amazon khai báo thuế dưới danh nghĩa một pháp nhân không phải chịu thuế.

Quyết định này của EC có thể ảnh hưởng đến chiến lược mà các công ty lớn đa quốc gia đang dùng để tối ưu khoản thuế phải trả bằng cách lập ra các công ty con ở những quốc gia có chính sách "thoáng".

Phía Mỹ thì chỉ trích Châu Âu hồi tuần trước vì cho rằng EC đang hành động như một "cơ quan thuế siêu quốc gia" và điều đó có thể ảnh hưởng tới tiến trình tái cấu trúc thuế toàn cầu.

CEO Tim Cook nói thêm về vụ việc: "EC đang muốn viết lại lịch sử của Apple tại Châu Âu, bỏ qua các luật thuế của Ireland và ảnh hưởng tới hệ thống thuế toàn cầu. Vụ việc này không phải là về Apple trả bao nhiêu tiền thuế, mà là chính phủ nào sẽ thu được tiền. Nó sẽ gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc đầu tư và việc làm ở Châu Âu. Apple tuân theo luật và chi trả đầy đủ mọi khoản thuế ở những nơi mà chúng tôi hoạt động. Chúng tôi sẽ kháng cáo và tự tin rằng quyết định của EC sẽ bị hủy bỏ".

Ông cho hay Apple hiện đang tuyển dụng khoảng 6.000 lao động ở Ireland và "vì Apple làm nghiên cứu, phát triển chủ yếu ở California nên phần lớn lợi nhuận đã bị đánh thuế tại Mỹ".