Theo quy định tại Thông tư 222/2009/TT-BTC, Cục Hải quan Hải Phòng đã triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo đúng và lộ trình, kế hoạch. Qua triển khai cho thấy, nhiều doanh nghiệp mới tiếp cận với thủ tục hải quan điện tử chưa nắm bắt và thực hiện thuần thục thao tác nghiệp vụ nên có nhiều trường hợp bản khai chưa đáp ứng yêu cầu và công chức hải quan phải từ chối tiếp nhận để hướng dẫn bổ sung, sửa đổi. Do đó, 100% tờ khai điện tử công chức hải quan vẫn phải trực tiếp kiểm tra sơ bộ. Khâu kiểm tra sơ bộ chiếm từ 1/5 đến 1/2 thời gian thông quan. Thời gian tờ khai đợi tại khâu kiểm tra sơ bộ nhanh cũng mất từ 5 - 30 phút, có những trường hợp kéo dài từ 1 - 2 ngày. Nhiều doanh nghiệp khai tốt, khai đúng vẫn phải chờ đợi được cấp số tờ khai do cơ chế xếp hàng tuần tự chờ kiểm tra. Trong khi đó, lượng tờ khai trong những năm gần đây ngày một tăng lên mà biên chế không tăng đáng kể. Nhiều Chi cục không thể tiếp nhận hết tờ khai trong ngày, tình trạng công chức phải làm ngoài giờ diễn ra thường xuyên.

(Theo số liệu thống kê từ 01/1/2012 đến 30/6/2012, lượng bản khai phải từ chối để hướng dẫn đối với các loại hình gia công, SXXK, chế xuất chỉ chiếm khoảng 10%, đối với loại hình kinh doanh chiếm khoảng 30%)

Để góp phần đẩy mạnh công tác cải cách và hiện đại hóa hải quan, từ tháng 9/2012, Cục Hải quan Hải Phòng đã triển khai thí điểm “Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan kiểm tra, tiếp nhận đăng ký tờ khai điện tử” theo quy định tại Điều 16, Thông tư 222/TT-BTC ngày 25/11/2009; Bước 1, khoản I, mục 2, phần I Quyết định 2396/QĐ-TCHQ  ngày 09/12/2009 quy định về việc kiểm tra sơ bộ, đăng ký tờ khai hải quan điện tử.

Theo đó, khi doanh nghiệp khai tờ khai điện tử đến hệ thống phần mềm hải quan điện tử, hệ thống phần mềm hải quan tự động kiểm tra và cấp số tờ khai. Từ lúc nhấn nút khai báo đến lúc được hệ thống hải quan chấp nhận cấp số tờ khai chỉ khoảng 30 giây. Công chức hải quan không tham gia vào khâu kiểm tra sơ bộ.

Đối tượng doanh nghiệp được lựa chọn tham gia thí điểm là những doanh nghiệp khai tốt, chấp hành tốt pháp luật hải quan, có lượng hàng hóa xuất nhập khẩu và lượng tờ khai lớn.

Từ tháng 9 đến ngày 20/10/2012, đã có 5938 tờ khai của 101 doanh nghiệp được các chi cục quyết định cấp số tờ khai điện tử tự động, không phải qua khâu kiểm tra sơ bộ.

Việc triển khai áp dụng đăng ký cấp số tờ khai điện tử tự động là một trong những giải pháp quan trọng nhằm tạo thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp. Thời gian làm thủ tục hải quan giảm giúp tăng hiệu quả kinh doanh cho doanh nghiệp, phòng ngừa phiền hà tiêu cực có thể phát sinh tại khâu này. Đối với công chức hải quan, do không phải kiểm tra sơ bộ, họ sẽ dành nhiều thời gian hơn cho những khâu nghiệp vụ khác.

Trong thời gian tới, Cục Hải quan Hải Phòng sẽ tổ chức sơ kết đánh giá và xem xét triển khai mở rộng. Đồng thời, Cục sẽ đề nghị Tổng cục Hải quan điều chỉnh bổ sung một số tính năng của hệ thống nhằm nâng cao tiện ích, giúp cho công tác quản lý được tốt hơn.