Theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, việc giải quyết ân hạn thuế 275 ngày cho hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu, vật tư sản xuất hàng xuất khẩu đối với trường hợp công ty mẹ nhập khẩu cung ứng cho các công ty thành viên trực thuộc, căn cứ theo quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính, các công ty con trực thuộc, các công ty thành viên trực thuộc các công ty mẹ nhập khẩu phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định tại khoản 1, Điều 20 của Thông tư 128.

Trên thực tế phát sinh các trường hợp công ty mẹ thực hiện hoàn toàn hoạt động nhập khẩu, xuất khẩu cho các công ty con, công ty thành viên trực thuộc và những công ty này không thể thỏa mãn điều kiện quy định tại điểm a.2, khoản 1, Điều 20 Thông tư 128 (có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian ít nhất 2 năm liên tục tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và trong 2 năm đó được cơ quan Hải quan xác định là: Không bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; Không bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thương mại) nên bản thân công ty mẹ khi nhập khẩu không được ân hạn thuế 275 ngày mặc dù đã đáp ứng đầy đủ điều kiện về ân hạn thuế.

Từ vướng mắc trên, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề xuất giải pháp với Tổng cục Hải quan, như sau: Trường hợp công ty mẹ làm thủ tục xuất nhập khẩu hoàn toàn cho tất cả các công ty con, công ty thành viên trực thuộc công ty mẹ, khi xem xét giải quyết ân hạn thuế 275 ngày đối với hàng sản xuất xuất khẩu thì không cần yêu cầu công ty con, công ty thành viên trực thuộc công ty mẹ phải thỏa mãn điều kiện quy định tại điểm a.2, khoản 1, Điều 20 Thông tư 128.

Ngoài vướng mắc trên, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cũng đang gặp vướng mắc về chính sách thuế đối với hàng tạm nhập, tái xuất. Theo hướng dẫn tại công văn số 7236/TCHQ-GSQL ngày 27/11/2013 của Tổng cục Hải quan về chính sách thuế đối với hàng tạm nhập, tái xuất không nhằm mục đích thương mại cung ứng cho tàu biển nước ngoài, chính sách thuế được thực hiện theo quy định đối với hàng hóa tạm nhập, tái xuất không thuộc các trường hợp được miễn thuế.

Tuy nhiên, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cho rằng, do hàng tạm nhập, tái xuất không nhằm mục đích thương mại, doanh nghiệp không xuất trình được hóa đơn bán hàng, chứng từ thanh toán nên Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh gặp vướng mắc khi giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Với vướng mắc trên, theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, về nguyên tắc, hàng tạm nhập, tái xuất thuộc đối tượng được miễn thuế, hoàn thuế khi thực tái xuất hàng hóa đã tạm nhập trước đó. Do hàng hóa tạm nhập, tái xuất không nhằm mục đích thương mại, doanh nghiệp không thể xuất trình được hóa đơn bán hàng và chứng từ thanh toán.

Theo đó, để bảo đảm quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề xuất Tổng cục Hải quan xử lý theo hướng, trường hợp hàng hóa tạm nhập, tái xuất không nhằm mục đích thương mại, doanh nghiệp không thể xuất trình được hóa đơn bán hàng và chứng từ thanh toán, nhưng qua kiểm tra xác định được hàng hóa tạm nhập đã thực tái xuất thì giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp.