Dự thảo Thông tư áp dụng đối với: Tổ chức, cá nhân có đề nghị cấp giấy phép hoạt động khoáng sản hoặc có đề nghị thẩm định, phê duyệt trữ lượng báo cáo thăm dò khoáng sản; Cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép hoạt động khoáng sản, thẩm định, phê duyệt trữ lượng báo cáo thăm dò khoáng sản; Các tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến việc thu, nộp, quản lý và sử dụng phí thẩm định đánh giá trữ lượng khoáng sản và lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản.

Dự thảo nêu rõ, mức thu phí thẩm định đánh giá trữ lượng khoáng sản thấp nhất là 10 triệu đồng tùy thuộc vào tổng chi phí thăm dò khoáng sản thực tế.

Về mức thu phí lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản đối với hoạt động thăm dò, dự thảo Thông tư quy định như sau: Diện tích thăm dò nhỏ hơn 100 ha, mức thu là 4 triệu đồng/01 giấy phép; diện tích thăm dò từ 100 ha đến 50.000 ha, mức thu là 10 triệu đồng/01 giấy phép; diện tích thăm dò trên 50.000 ha, mức thu là 15 triệu đồng/01 giấy phép.

Đối với hoạt động khai thác, lệ phí cấp Giấy phép khai thác cát, sỏi lòng suối là từ 1 triệu đồng đến 15 triệu đồng/giấy phép tùy thuộc vào công suất khai thác.

Giấy phép khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường không sử dụng vật liệu nổ công nghiệp, mức thu lệ phí từ 15 triệu đồng đến 30 triệu đồng/giấy phép.

Giấy phép khai thác khoáng sản làm nguyên liệu xi măng; khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường mà có sử dụng vật liệu nổ công nghiệp; đá ốp lát và nước khoáng, mức thu lệ phí 40 triệu đồng/giấy phép.

Tổ chức thu lệ phí theo quy định tại Thông tư này gồm: Bộ Tài nguyên và Môi trường hoặc cơ quan nhà nước thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường được giao thực hiện cấp giấy phép hoạt động khoáng sản theo quy định pháp luật và Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Tổ chức thu phí theo quy định tại Thông tư này gồm: Hội đồng đánh giá trữ lượng khoáng sản quốc gia và Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Tổ chức thu phí được để lại 70% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí và nộp 30% vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước không thuộc diện được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP thì phải nộp toàn bộ tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động thẩm định, thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.