Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, trường hợp gia hạn thời gian quá cảnh đối với hàng hóa quá cảnh là vũ khí, vật liệu nổ, tiền chất thuốc nổ, công cụ hỗ trợ hoặc hàng hóa quá cảnh thuộc Danh mục hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu, hàng hóa tạm ngừng xuất khẩu, tạm ngừng nhập khẩu, hàng hóa cấm kinh doanh theo quy định của pháp luật thì phải được Bộ Công Thương cấp phép.

Với các trường hợp hàng hóa quá cảnh khác thuộc thẩm quyền gia hạn của cơ quan hải quan nơi làm thủ tục quá cảnh thì trên cơ sở văn bản xin gia hạn thời gian quá cảnh của người khai hải quan (trong đó nêu rõ: số tờ khai, tên hàng hóa quá cảnh, lý do xin gia hạn thời gian quá cảnh, thời gian xin gia hạn quá cảnh và các thông tin khác liên quan).

Cục trưởng Cục Hải quan các tỉnh, thành phố nơi làm thủ tục hàng hóa quá cảnh xem xét lý do gia hạn thời gian quá cảnh là phù hợp và đáp ứng các điều kiện đảm bảo nguyên trạng hàng hóa quá cảnh trong thời gian lưu kho trên lãnh thổ Việt Nam thì chấp nhận gia hạn.

Trường hợp có thông tin hoặc nghi vấn lô hàng có dấu hiệu vi phạm, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố chỉ đạo Chi cục Hải quan có liên quan thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa trước khi gia hạn thời gian quá cảnh.