Theo đó, Thông tư này bao gồm 5 Chương, 15 Điều, trong đó đáng chú ý là việc Thông tư đã phân chia thành 3 luồng khác nhau trong quy trình cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) ưu đãi, bao gồm luồng xanh, luồng đỏ và luồng thông thường.

Cụ thể, luồng xanh là chế độ ưu tiên trong quy trình cấp C/O ưu đãi, thương nhân được ưu tiên miễn, giảm, nộp chậm chứng từ, giảm thời gian cấp C/O và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình đề nghị cấp C/O.

Đối với luồng xanh, thương nhân được miễn, giảm chứng từ trong hồ sơ đề nghị cấp C/O ưu đãi; miễn kiểm tra thực tế hàng hóa và cơ sở sản xuất trong quá trình đề nghị cấp C/O ưu đãi; rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ cấp C/O; được phép gia hạn thời gian nộp chậm chứng từ trong vòng 45 ngày làm việc đối với các chứng từ được phép nộp chậm.

Thời gian xử lý hồ sơ cấp C/O ưu đãi đối với trường hợp thương nhân áp dụng chế độ luồng xanh nộp hồ sơ dưới dạng bản giấy là tối đa 6 giờ làm việc kể từ khi nhận được đầy đủ hồ sơ hợp lệ. Thương nhân áp dụng chế độ luồng xanh cũng được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa và cơ sở sản xuất trong quá trình đề nghị cấp C/O ưu đãi.

Luồng đỏ là chế độ cần kiểm soát trong quy trình cấp C/O ưu đãi. Theo đó thương nhân phải nộp chứng từ chứng minh xuất xứ hàng hóa đối với tất cả các lô hàng, có thể được yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình đề nghị cấp C/O.

Đối với luồng đỏ, thương nhân bắt buộc phải tuân thủ các quy định chặt chẽ về bộ hồ sơ C/O, thời gian xét duyệt và kiểm tra năng lực sản xuất. Mặt hàng áp dụng chế độ luồng đỏ được xác định theo tiêu chí là mặt hàng có nguy cơ cao gian lận xuất xứ hàng hóa để lẩn tránh biện pháp phòng vệ thương mại của nước nhập khẩu hoặc hưởng lợi từ cam kết thuế quan ưu đãi mà nước nhập khẩu dành cho Việt Nam.

Hoặc là mặt hàng có lượng C/O thuộc diện điều tra xác minh xuất xứ hàng hóa tăng đáng kể và bất thường theo đề nghị của nước nhập khẩu.

Luồng thông thường là chế độ hiện hành trong quy trình cấp C/O ưu đãi theo quy định tại Nghị định số 31/2018/NĐ-CP ngày 8/3/2018 của Chính phủ quy định chi tiết Luật Quản lý ngoại thương về xuất xứ hàng hóa và các văn bản hướng dẫn liên quan.

Cũng theo Thông tư 15, để được áp dụng chế độ luồng xanh trong quy trình cấp C/O ưu đãi, thương nhân cần được Bộ Công Thương công nhận là doanh nghiệp xuất khẩu uy tín, hoặc thương nhân được Bộ Tài chính công nhận là doanh nghiệp ưu tiên trong lĩnh vực quản lý nhà nước về hải quan.

Hoặc thương nhân đáp ứng các điều kiện như không vi phạm quy định về xuất xứ trong 2 năm gần nhất trước thời điểm đề nghị xét duyệt chế độ luồng lanh; có hệ thống lưu trữ hồ sơ (hồ sơ giấy và hồ sơ điện tử) đầy đủ để đảm bảo chứng minh tính xác thực của C/O và xuất xứ hàng hóa trong thời hạn lưu trữ theo quy định tại Nghị định số 31/2018/NĐ-CP; thực hiện quy trình khai báo C/O điện tử qua Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử (www.ecosys.gov.vn) và có tần suất đề nghị cấp ít nhất 30 bộ C/O ưu đãi/năm.

Trong khi đó, thương nhân, doanh nghiệp sẽ bị xét vào chế độ luồng đỏ nếu vi phạm các hành vi tại Điều 29 Nghị định số 31/2018/NĐ-CP trong vòng 2 năm gần nhất tính đến thời điểm phân luồng. Thương nhân không đáp ứng được yêu cầu xác minh xuất xứ hàng hóa hoặc có kết luận về việc không đạt xuất xứ hàng hóa của cơ quan hải quan nước nhập khẩu trong vòng 2 năm gần nhất tính đến thời điểm phân luồng.

Hoặc thương nhân áp dụng chế độ luồng xanh hoặc luồng thông thường có xuất khẩu mặt hàng áp dụng chế độ luồng đỏ (mặt hàng có nguy cơ cao gian lận xuất xứ hàng hóa; mặt hàng có lượng C/O thuộc diện điều tra xác minh xuất xứ hàng hóa) nhưng không có cơ sở sản xuất hoặc năng lực sản xuất không đáp ứng yêu cầu sản xuất mặt hàng xuất khẩu.

Việc phân luồng trong quy trình cấp C/O ưu đãi thực hiện theo cơ chế tự động. Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) và cơ quan, tổ chức cấp C/O ưu đãi thông báo công khai các trường hợp áp dụng chế độ luồng xanh, luồng thông thường hoặc luồng đỏ tại Hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử.