Là một trong những nước sớm quan tâm đến sự phát triển của ngành Hải quan như là động lực thúc đẩy giao lưu thương mại sau thời kỳ mở cửa, Chính phủ Nhật Bản thông qua cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) và Hải quan Nhật Bản đã dành cho Hải quan Việt Nam sự trợ giúp có hiệu quả trên nhiều lĩnh vực khác nhau.

Trên lĩnh vực hội nhập quốc tế, Nhật Bản đã hỗ trợ Hải quan Việt Nam tiếp cận và nắm bắt công ước Kyoto và công ước Kyoto sửa đổi để từng bước nghiên cứu và nội luật hóa các chuẩn mực của công ước tiến tới gia nhập công ước theo khuyến nghị của Tổ chức Hải quan thế giới (WCO). Nhật Bản cũng hỗ trợ tích cực Việt Nam tìm hiểu và xây dựng kiến thức về trị giá hải quan để có thể thực hiện điều 7 của Hiệp định GATT, một phần trong nỗ lực gia nhập tổ chức thương mại thế giới (WTO) của Việt Nam. Trong quá trình gia nhập ASEAN của Việt Nam, Nhật Bản cũng có những đóng góp tích cực khi giúp Việt Nam xây dựng danh mục biểu thuế hài hòa chung ASEAN (AHTN) thông quan việc giới thiệu và tìm hiểu về hệ thống hài hòa (HS).

Trên lĩnh vực tăng cường năng lực quản lý hải quan, Nhật Bản đã dành sự hỗ trợ đa dạng cho Hải quan Việt Nam, như: tổ chức trao đoàn, nghiên cứu thực tế, hội thảo, tập huấn, cử chuyên gia, cung cấp tài liệu,… Thông qua các hoạt động này, nhiều dung nghiệp vụ hải quan quan trọng và phương thức quản lý hiện đại đã được giới thiệu và trình bày cho đông đảo và nhiều lớp cán bộ, công chức hải quan. Trong số đó, các nghiệp vụ kiểm tra sau thông quan, quản lý rủi ro đã được giới thiệu từ rất sớm cho Hải quan Việt Nam, mở ra cơ hội và thời gian cho Hải quan Việt Nam nghiên cứu, tiếp cận và chuẩn bị cho việc phát triển và áp dụng phương thức quản lý mới vào thực tiễn như hiện nay.

Trên lĩnh vực phát triển nguồn nhân lực, Nhật Bản không chỉ giới hạn ở việc đào tạo, truyền thụ kiến thức, kỹ năng làm việc cho Hải quan Việt Nam mà còn quan tâm đến việc xây dựng đội ngũ máy cái làm nòng cốt nhân rộng kiến thức trong toàn ngành. Cách làm này tạo ra sự phát triển lâu dài và bền vững cho Hải quan Việt Nam khi mà các nguồn trợ giúp từ bên ngoài ngày càng hạn chế trong bối cảnh Việt Nam ra khỏi nhóm những nước nghèo.

Trên lĩnh vực hiện đại hóa hoạt động hải quan, Nhật Bản đã trang cấp cho Hải quan nhiều máy móc, thiết bị tiên tiến nhằm tăng cường hiệu quả hoạt động của cơ quan hải quan. Nhật Bản đã từng hỗ trợ Việt Nam trang cấp mới trung tâm phân tích phân loại miền Nam và miền Trung, bổ sung trang thiết bị cho trung tâm phân tích phân loại miền Bắc. Qua đó nâng cao năng lực đưa ra kết luận chính xác, thống nhất về phân loại hàng hóa XNK, giảm thiểu tranh chấp và chi phí. Gần đây, Nhật Bản cũng mới trang cấp cho Hải quan Việt Nam hai hệ thống máy soi công ten nơ giúp nâng cao hiệu quả kiểm tra, giảm thời gian thông quan tại các địa bàn trọng điểm có số lượng khai báo XNK lớn.

Với những thành tựu hợp tác về lĩnh vực hải quan trong suốt chặng đường vừa qua, và như là một động thái khẳng định phát triển toàn diện quan hệ hợp tác chiến lược giữa hai nước, Chính phủ Nhật Bản đã đề xuất hợp tác triển khai Dự án hoàn thiện hệ thống thủ tục thương mại bằng hải quan điện tử và hải quan một cửa tại Việt Nam, gọi tắt là dự án VNACCS. Đáp lại đề xuất của Nhật Bản, Chính phủ Việt Nam đã chính thức đề nghị Chính phủ Nhật Bản hỗ trợ triển khai dự án trên thông qua một gói toàn diện gồm công nghệ thông tin, quản lý hải quan hiện đại, đào tạo phát triển nguồn nhân lực. Dự án VNACCS đã ra đời trong bối cảnh như vậy và bắt đầu khởi động từ giữa năm 2011.

Như đặc điểm nêu trên, dự án VNACCS là dự án hợp tác song phương lớn nhất từ trước đến nay. Dự án không chỉ giúp thiết lập hệ thống thông quan tự động dựa trên nền tảng công nghệ của Nhật Bản mà còn mở rộng phạm vi hỗ trợ một cách toàn diện trên các mặt: hoàn thiện cơ sở pháp lý, bộ máy tổ chức, dây truyền thông quan, cải thiện năng lực đội ngũ cán bộ, công chức phù hợp với ứng dụng hệ thống thông quan tự động mới, trang bị kiến thức và kỹ năng quản lý tiên tiến. Bên cạnh đó, Dự án cũng hỗ trợ xử lý thông tin từ các bộ ngành trong nỗ lực thiết lập cơ chế một cửa hải quan như là bước chuẩn bị cho việc kết nối vào cơ chế một cửa ASEAN trong tương lai.

Với những hoạt động triển khai trên, Dự án được xem như là hình mẫu tổng hòa các hình thức trợ giúp trước đây của Nhật Bản dành cho Hải quan Việt Nam với nguồn vốn huy động tập trung cao nhất. Dự án sẽ hứa hẹn tạo lập một môi trường thông quan tiên tiến, đáp ứng nhu cầu giao thương mại ngày càng cao của Việt Nam, hỗ trợ tích cực Việt Nam thực hiện các cam kết hội nhập trong khu vực và quốc tế.