Đề xuất tháo gỡ nhiều nhất trong lĩnh vực kinh doanh vận tải hàng hải chính là vấn đề thuế, phí, phụ phí đối với kinh doanh vận tải; kiểm soát việc thu các loại phụ phí rất vô lý của hãng tàu nước ngoài; sự thiếu bình đẳng giữa các hãng tàu trong nước và nước ngoài dẫn đến nhiều tình huống bất lợi cho các doanh nghiệp trong nước. Chủ tịch Hiệp hội Vận tải biển Diêm Điền, Thái Bình Trịnh Quốc Đạt cho biết, Hiệp hội Vận tải Diêm Điền có khoảng hơn 200 doanh nghiệp, với hơn 300 tàu các loại hoạt động tất cả các tuyến đã có nhiều câu hỏi gửi đến Bộ Giao thông - Vận tải được lãnh đạo Bộ trực tiếp lắng nghe và giải đáp, xử lý nhanh chóng, thể hiện rõ sự đồng hành với doanh nghiệp.

Tuy nhiên, có hai vấn đề đang gây bức xúc cho các doanh nghiệp nói riêng và Hiệp hội Vận tải Biển Diêm Điền nói chung chưa được xử lý dứt điểm. Thứ nhất, vẫn tồn tại một thực tế tại các cảng, đó là sự phân biệt đối xử giữa tàu nội và tàu ngoại. Thứ hai, là sự nhũng nhiễu, tiêu cực vẫn còn tại một số nơi, nhất là ở một số cảng thủy nội địa thu lộ phí rất lớn. Có những tàu vào cảng, bị thu tới 10 triệu đồng/lần (cao gấp 10 lần so với quy định), nhưng không hề có hóa đơn, chứng từ.

Nhiều chủ doanh nghiệp cùng chung nhìn nhận rằng, nếu so sánh về thủ tục hành chính, thì sau các cuộc đối thoại, tình hình ở các cảng chính đã thông thoáng hơn nhiều, nhưng còn những cảng phụ ít nhiều vẫn còn vướng mắc. Tuy nhiên, tham gia cuộc đối thoại Bộ Giao thông - Vận tải tổ chức lần thứ 3 vừa qua, các chủ doanh nghiệp ở Nam Định, Thái Bình, Hải Phòng, Hà Nội, Nha Trang... các hiệp hội, chủ tàu cũng trực tiếp nêu lên những bức xúc, vướng mắc chưa được tháo gỡ, với mục tiêu từng bước xóa bỏ tiêu cực để hoạt động của doanh nghiệp vận tải biển ngày một tốt hơn. Nhà quản lý, doanh nghiệp và người dân đều hiểu rõ, việc thu đúng, thu đủ các loại phí sẽ tạo điều kiện cho các tàu hoạt động hiệu quả, có điều kiện để hoạt động vận tải mang lại giá trị.

Một khó khăn khác nhiều doanh nghiệp đặt ra là khả năng tiếp cận vốn. Từ năm 2008 đến nay, ngành vận tải biển chịu tác động nặng nề bởi sự khó khăn chung của kinh tế thế giới. Chủ tịch Hiệp hội Vận tải đoàn kết An Lư, Thủy Nguyên, Hải Phòng Trần Văn Tề nêu thực tế, chính vì những khó khăn kéo dài trong 5, 6 năm qua của ngành vận tải biển, các chủ hàng không có hàng, chủ tàu cũng không có hàng để chở, mà ngân hàng không tiếp tục đầu tư để sửa chữa tàu thì không hoạt động được. Ngân hàng cần xem xét, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp có vốn đầu tư sửa chữa thì ngành vận tải biển mới tồn tại được.

Rất nhiều ý kiến phán ánh, kiến nghị của doanh nghiệp đã được lãnh đạo Bộ Giao thông – Vận tải trực tiếp trao đổi và có giải pháp. Riêng kiến nghị cơ quan nhà nước phải kiểm soát việc các hãng tàu nước ngoài phụ thu nhiều loại phí vô lý liên quan tới doanh nghiệp và các chủ tàu nước ngoài, Bộ đã chủ trì nhiều cuộc họp bàn với các Bộ Tài chính, Công thương thành lập tổ chuyên trách giải quyết vấn đề này. Tới đây, các cơ quan chuyên môn của Bộ Giao thông - Vận tải cũng sẽ tích cực nghiên cứu, xây dựng các cơ chế, chính sách trên cơ sở đổi mới và tạo điều kiện cho doanh nghiệp. Bộ trưởng Bộ Giao thông - Vận tải trong cuộc họp mới đây về xây dựng Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Bộ luật Hàng hải cũng đã yêu cầu đưa quy định về việc phí, lệ phí, thu phu cước phí vào Bộ luật để quản lý, theo hướng luật hóa, bảo đảm công khai minh bạch.