Ngày 29/5/1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký Sắc lệnh số 75/SL về tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính. Theo đó, Nha Ngân khố Quốc gia (tiền thân của hệ thống KBNN ngày nay) là một tổ chức cấu thành trong Bộ Tài chính.

Trong điều kiện đất nước vừa kháng chiến, vừa kiến quốc, Nha Ngân khố Quốc gia đã có nhiều đóng góp cho việc xây dựng và bảo vệ chính quyền nhân dân, đấu tranh chống lại những hoạt động của địch trên lĩnh vực tài chính - tiền tệ, góp phần bước đầu tạo nên nền tài chính - ngân sách của chế độ mới.

Trước yêu cầu và tình hình mới của cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp, ngày 20/7/1951, Thủ tướng Chính phủ đã có Nghị định số 107/TTg lập ra KBNN (gọi tắt là Kho bạc) đặt trong Ngân hàng Quốc gia Việt Nam và thuộc quyền quản trị của Bộ Tài chính.

KBNN tiếp tục thực hiện nhiệm vụ thu chi quỹ NSNN đảm bảo các nhu cầu chi của bộ máy nhà nước, phục vụ công cuộc kháng chiến, xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc, đấu tranh giải phóng miền Nam thống nhất đất nước.

Từ Đại hội VI, Đảng Cộng sản Việt Nam đã khởi xướng và lãnh đạo công cuộc “Đổi mới” một cách sâu sắc và toàn diện. Cơ chế quản lý tài chính và tiền tệ đã có những thay đổi căn bản, phù hợp với cơ chế quản lý kinh tế mới.

Việc tách bạch hoạt động kinh doanh tiền tệ với nhiệm vụ quản lý nhà nước về tài chính – ngân sách là đòi hỏi tất yếu khách quan. Để nắm chắc tình hình thu, chi và sử dụng có hiệu quả quỹ NSNN, việc chuyển chức năng quản lý quỹ NSNN về Bộ Tài chính là cần thiết.

Ngày 04/01/1990, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng đã ký Quyết định số 07/HĐBT thành lập hệ thống KBNN trực thuộc Bộ Tài chính với chức năng chính là giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính thực hiện quản lý nhà nước về quỹ NSNN.

Cùng với sự đổi mới và cải cách nền kinh tế đồng thời để tạo môi trường pháp lý cho KBNN hoạt động, từ năm 1990 đến nay KBNN đã có 4 lần trình Chính phủ ban hành các Nghị định thay thế, bổ sung nhằm tiếp tục hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của hệ thống KBNN.

Ngày 21/8/2007, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 138/2007/QĐ-TTg phê duyệt Chiến lược phát triển KBNN đến năm 2020, với 04 trụ cột phát triển là: Cải cách về thể chế, chính sách; hoàn thiện tổ chức bộ máy; hiện đại hóa công nghệ và phát triển nguồn nhân lực nhằm mục tiêu xây dựng KBNN hiện đại, hoạt động an toàn, hiệu quả và phát triển ổn định, vững chắc.

Cùng với đó, KBNN được giao thực hiện 02 chức năng mới là Tổng kế toán nhà nước và Quản lý ngân quỹ nhà nước tại Quyết định số 108/2009/QĐ-TTg ngày 26/8/2009 của Thủ tướng Chính phủ. Bắt đầu từ giai đoạn này, hoạt động của KBNN bước vào một thời kỳ mới - thời kỳ cải cách và hiện đại hóa hệ thống.

Điểm nổi bật nhất của hệ thống KBNN qua quá trình xây dựng và phát triển (nhất là trong giai đoạn 25 năm từ khi tái lập đến nay 01/04/1990-01/01/2015), hệ thống KBNN luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị được giao đó là quản lý quỹ NSNN, phục vụ đắc lực cho công tác chỉ đạo điều hành của lãnh đạo Đảng, Quốc hội, Chính phủ, Bộ Tài chính và các cấp chính quyền, góp phần tích cực đối với phát triển kinh tế - xã hội và đảm bảo an ninh, quốc phòng của đất nước, đó là: Phối hợp chặt chẽ với các cơ quan liên quan thực hiện đồng bộ nhiều giải pháp tổ chức thu NSNN với nhiều quy trình ứng dụng công nghệ văn minh hiện đại góp phần hoàn thành dự toán thu được giao vì vậy, mặc dù quy mô thu NSNN qua KBNN tăng rất nhanh qua các giai đoạn (năm 1990 tổng thu ngân sách các cấp qua KBNN chỉ là 8.000 tỷ đồng, năm 2000 là trên 90.700 tỷ đồng, đến nay đã lên đến trên 800.000 tỷ đồng/năm) nhưng hệ thống KBNN đã phối hợp tích cực với các cơ quan thu hoàn thành tốt nhiệm vụ thu NSNN hàng năm được giao, nguồn thu của NSNN luôn được tập trung đầy đủ, kịp thời vào KBNN để đáp ứng đầy đủ các nhu cầu chi tiêu thường xuyên cũng như chi đầu tư phát triển của NSNN.

Cùng với việc tập trung nhanh các khoản thu, hệ thống KBNN cũng đã không ngừng đổi mới và hoàn thiện công tác quản lý kiểm soát chi NSNN theo hướng đơn giản về thủ tục, quy trình; đảm bảo chặt chẽ góp phần thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, phòng chống tham nhũng, thực hiện cải cách thủ tục hành chính, hoàn thiện quy trình kiểm soát chi; đổi mới công tác kiểm soát chi thường xuyên và chi đầu tư qua KBNN, góp phần rút ngắn thời gian kiểm soát chi NSNN, nâng cao trách nhiệm, kỷ luật kỷ cương tài chính; đảm bảo đơn giản, rõ ràng, minh bạch trong công tác kiểm soát chi NSNN và tạo điều kiện thuận lợi cho các chủ đầu tư và đơn vị sử dụng ngân sách.

Hệ thống KBNN đã nỗ lực phấn đấu thực hiện tốt nhiệm vụ huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển. Tổ chức quản lý, điều hành ngân quỹ an toàn, linh hoạt, đáp ứng đầy đủ, kịp thời nhu cầu chi của ngân sách các cấp. Tổ chức thực hiện tốt nhiệm vụ hạch toán kế toán các khoản thu, chi NSNN, các quỹ tài chính Nhà nước; từng bước hiện đại hóa công tác thanh toán đáp ứng ngày càng tốt hơn các yêu cầu quản lý NSNN. Tăng cường đảm bảo an ninh các hoạt động nghiệp vụ, thiết lập đồng bộ hệ thống an toàn, bảo mật thông tin và hạ tầng truyền thông; đảm bảo tuyệt đối an toàn tiền, tài sản Nhà nước giao cho KBNN quản lý. Tập trung ưu tiên thực hiện mục tiêu hiện đại hóa, kết hợp giữa hiện đại hóa với cải cách hành chính nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động và chất lượng phục vụ các đơn vị giao dịch. Phát triển nguồn nhân lực đảm bảo cả về số lượng và chất lượng; không ngừng nâng cao phẩm chất chính trị, đạo đức công vụ, trình độ chuyên môn nghiệp vụ, kỹ năng hành chính và văn hóa nghề nghiệp cho đội ngũ cán bộ, công chức. Tăng cường cơ sở vật chất; từng bước hoàn thiện cơ chế tài chính, mở rộng phân cấp đáp ứng ngày càng tốt hơn yêu cầu hoạt động và tập trung nguồn lực hiện đại hóa hệ thống. Chú trọng nâng cao chất lượng công tác thanh tra, kiểm tra nhằm cảnh báo, ngăn ngừa các rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ và quản lý nội bộ hệ thống. Không ngừng mở rộng hoạt động hợp tác quốc tế nhằm trao đổi thông tin, học hỏi kinh nghiệm; đào tạo, bồi dưỡng cán bộ để đáp ứng tốt hơn yêu cầu, nhiệm vụ. Từng bước hướng tới mục tiêu “Xây dựng KBNN hiện đại, hoạt động an toàn, hiệu quả và phát triển ổn định vững chắc trên cơ sở cải cách thể chế, chính sách, hoàn thiện tổ chức bộ máy, gắn với hiện đại hóa công nghệ và phát triển nguồn nhân lực để thực hiện tốt các chức năng: Quản lý quỹ NSNN và các quỹ tài chính nhà nước; quản lý ngân quỹ và quản lý nợ Chính phủ; tổng kế toán nhà nước nhằm tăng cường năng lực, hiệu quả và tính công khai, minh bạch trong quản lý các nguồn lực tài chính của nhà nước. Đến năm 2020, các hoạt động KBNN được thực hiện trên nền tảng công nghệ thông tin hiện đại và hình thành Kho bạc điện tử”.