Theo đó, thủ tục sẽ tạo thuận lợi cho DN XNK đồng thời phù hợp với quy định tại các văn bản hiện hành. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của các tờ khai NK và XK phát sinh trước ngày Thông tư 38/2015/TT-BTC có hiệu lực (1/4/2015), nếu DN đã nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC thì cơ quan Hải quan tiếp tục giải quyết thủ tục hoàn thuế, không thu thuế theo quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC.

Trường hợp DN chưa nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế thì hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng hướng dẫn xử lý thuế GTGT đối với trường hợp không XK hàng hóa trong thời hạn nộp thuế.

Theo đó, nếu quá thời hạn nộp thuế 275 ngày hoặc trường hợp được gia hạn thời hạn nộp thuế đối với nguyên liệu, vật tư NK để sản xuất hàng XK còn tồn kho chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất nhưng chưa XK, thì người nộp thuế chưa phải kê khai, nộp thuế GTGT đối với số nguyên liệu tồn kho.

Tuy nhiên, người nộp thuế phải có văn bản gửi chi cục hải quan nơi làm thủ tục NK nêu rõ số lượng nguyên liệu, thành phẩm tồn kho thuộc các tờ khai NK nào và lý do tồn.

Cơ quan Hải quan sẽ thực hiện kiểm tra tình hình tồn kho nguyên liệu tại trụ sở người nộp thuế khi có dấu hiệu nghi ngờ vi phạm về sử dụng dụng nguyên liệu không đúng mục đích hoặc đã tiêu thụ nội địa. Trường hợp qua kiểm tra phát hiện người nộp thuế đã thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì xử lý theo quy định tại điểm b, khoản 2 Điều 21 Thông tư 38/2015/TT-BTC.