Cơ sở thực hiện xã hội hóa trong các lĩnh vực: Giáo dục - đào tạo, dạy nghề; y tế; văn hoá; thể dục thể thao; môi trường phải thuộc danh mục loại hình và đáp ứng các tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn ban hành kèm theo Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008 và Quyết định số 693/QĐ-TTg ngày 06/5/2013 của Thủ tướng Chính phủ được hưởng các chính sách khuyến khích phát triển xã hội hóa quy định tại Nghị định số 69/2008/NĐ-CP ngày 30/5/2008 và Nghị định 59/2014/NĐ-CP ngày 16/6/2014.

Đối với hoạt động xã hội hóa trong lĩnh vực giám định tư pháp sẽ thực hiện theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ quy định về danh mục chi tiết các loại hình, tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn của các cơ sở xã hội hóa.

về  thuế Thu nhập doanh nghiệp, cơ sở thực hiện xã hội hóa được ưu đãi về thuế Thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại mục VI Thông tư 135/2008/TT-BTC ngày 31/12/2008, Điều 8 Nghị định số 69/2008/NĐ-CP ngày 30/5/2008 và quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp cùng các quy định hiện hành. Cơ sở thực hiện xã hội hóa có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong suốt thời gian hoạt động.

Đối với cơ sở thực hiện xã hội hóa có nhiều loại hình kinh doanh khác nhau phải tổ chức hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động xã hội hóa để được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10%. Thu nhập từ các hoạt động khác ngoài các hoạt động trong lĩnh vực xã hội hóa quy định tại Điểm 1 Mục I của Thông tư 135/2008/TT-BTC ngày 31/12/2008 thì phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật. Phương pháp tính thuế Thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thực hiện Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp.

Cơ sở thực hiện xã hội hoá phải thực hiện kê khai nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật về thuế và thực hiện xuất hoá đơn đối với các khoản thu từ hoạt động xã hội hoá theo đúng quy định của pháp luật về quản lý và sử dụng hoá đơn. Trường hợp vi phạm sẽ bị xử lý theo các chế tài của pháp luật về thuế hiện hành.

Cơ sở thực hiện xã hội hóa thành lập mới kể từ ngày Nghị định số 69/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 04 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 05 năm tiếp theo. Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên cơ sở có thu nhập chịu thuế từ hoạt động xã hội hoá được hưởng ưu đãi thuế; Trường hợp cơ sở không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Cơ sở thực hiện xã hội hóa được thành lập trước ngày Nghị định số 69/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo nguyên tắc: Thời gian hưởng ưu đãi theo các quy định trước đây đã hết thì được hưởng thuế suất 10% kể từ ngày Nghị định 69/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành. Trường hợp thời gian hưởng ưu đãi theo quy định trước đây vẫn còn thì tiếp tục được hưởng ưu đãi theo quy định tại nghị định 69/2008/NĐ-CP sau khi trừ đi thời gian đã được hưởng ưu đãi trước đây. (theo quy định tại Điều 8 Nghị định 69/2008/NĐ-CP)

Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng được. Trường hợp doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.

Về thuế Giá trị gia tăng,cơ sở thực hiện xã hội hóa được ưu đãi về thuế giá trị gia tăng theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng và các quy định hiện hành.

Từ ngày 01/8/2014, Chính sách ưu đãi về đất đai thực hiện theo quy định của Nghị định số 59/2014/NĐ-CP ngày 16/6/2014 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 69/2008/NĐ-CP ngày 30/5/2008 của Chính phủ về chính sách khuyến khích xã hội hóa đối với các hoạt động trong lĩnh vực giáo dục, dạy nghề, y tế, văn hóa, thể thao, môi trường. Cụ thể:

Cơ sở thực hiện xã hội hóa được Nhà nước cho thuê đất đã hoàn thành giải phóng mặt bằng để xây dựng các công trình xã hội hóa theo hình thức cho thuê đất miễn tiền thuê đất cho cả thời gian thuê trừ trường hợp quy định tại Khoản 2 Mục này.

Đối với cơ sở thực hiện xã hội hóa sử dụng đất tại các đô thị, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh căn cứ điều kiện thực tế của địa phương quy định chế độ miễn, giảm tiền thuê đất theo từng khu vực, lĩnh vực. Mức tối đa là miễn tiền thuê đất cho toàn bộ thời gian của dự án; mức tối thiểu bằng mức ưu đãi theo quy định của pháp luật về đất đai và pháp luật về đầu tư.

Trường hợp nhà đầu tư tự nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp để thực hiện dự án đầu tư xây dựng các công trình xã hội hóa mà phải chuyển mục đích sử dụng đất phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất thì nhà đầu tư được Nhà nước cho thuê đất theo quy định của pháp luật đất đai và được hưởng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Mục này, cụ thể:

Trường hợp nhà đầu tư được miễn tiền thuê đất cho cả thời gian của dự án thì số tiền nhà đầu tư đã trả để nhận quyền sử dụng đất được tính vào chi phí đầu tư của dự án;

Trường hợp nhà đầu tư chỉ được miễn tiền thuê đất cho một số năm thì khoản tiền nhà đầu tư đã trả để nhận quyền sử dụng đất được coi là khoản tiền thuê đất mà nhà đầu tư đã trả trước cho Nhà nước để được thuê đất theo quy định của pháp luật đất đai. Khoản tiền này được xác định trên cơ sở giá đất theo mục đích sử dụng đất nhận chuyển nhượng tại thời điểm có quyết định của cơ quan nhà nước cho phép chuyển mục đích sử dụng đất nhưng không vượt quá tiền bồi thường, hỗ trợ tương ứng với trường hợp Nhà nước thu hồi đất theo quy định của pháp luật về đất đai.

Khoản tiền nhà đầu tư đã trả để nhận quyền sử dụng đất quy định tại Điểm b Khoản này được xác định theo nguyên tắc sau đây:

Trường hợp giá đất để tính tiền thuê đất được xác định theo phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất thì giá của loại đất nhận chuyển nhượng cũng được xác định theo phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất tại thời điểm có quyết định chuyển mục đích sử dụng đất;

Trường hợp giá đất để tính tiền thuê đất được xác định theo các phương pháp so sánh trực tiếp, chiết trừ, thu nhập, thặng dư thì giá của loại đất nhận chuyển nhượng cũng được xác định theo các phương pháp này tại thời điểm có quyết định chuyển mục đích sử dụng đất.

Việc xác định giá đất tính thu tiền thuê đất theo phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất hoặc theo phương pháp so sánh trực tiếp, chiết trừ, thu nhập, thặng dư được thực hiện theo quy định tại Nghị định của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước.

Việc miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Mục này được thực hiện như sau:

Cơ sở thực hiện xã hội hóa có dự án xã hội hóa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật và được Nhà nước cho thuê đất để thực hiện dự án mà nội dung dự án đã được phê duyệt đáp ứng danh mục các loại hình, quy mô, tiêu chuẩn do Thủ tướng Chính phủ quy định thì được hưởng chính sách ưu đãi về đất đai theo quy định tại Nghị định này kể từ thời điểm có quyết định cho thuê đất hoặc quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

Trường hợp sau khi dự án hoàn thành, đưa vào hoạt động mà cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện kiểm tra và xác định cơ sở thực hiện xã hội hóa không đáp ứng quy định về tiêu chí, quy mô, tiêu chuẩn theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ theo các nội dung đã cam kết thì cơ sở thực hiện xã hội hóa phải nộp tiền thuê đất đã được miễn, giảm theo chính sách và giá đất tại thời điểm được hưởng ưu đãi về đất quy định tại Điểm a Khoản này và tiền chậm nộp tính trên số tiền thuê đất được miễn, giảm theo quy định của pháp luật về quản lý thuế;

Căn cứ tình hình thực tế tại địa phương và loại hình dự án xã hội hóa, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao cơ quan thuế chủ trì, phối hợp với cơ quan quản lý chuyên ngành về xã hội hóa và các cơ quan có liên quan thực hiện kiểm tra, xác định việc đáp ứng các tiêu chí, quy mô, tiêu chuẩn do Thủ tướng Chính phủ quyết định của cơ sở thực hiện xã hội hóa tại thời điểm dự án hoàn thành đưa vào hoạt động;

Việc kiểm tra, xác định theo quy định tại Điểm b, Điểm c Khoản này được thực hiện như sau:

Sau khi dự án hoàn thành đưa vào hoạt động, trong khoảng thời gian quy định tại danh mục các loại hình, tiêu chí, quy mô, tiêu chuẩn của từng lĩnh vực xã hội hóa do Thủ tướng Chính phủ quyết định, cơ sở thực hiện xã hội hóa phải gửi văn bản đến cơ quan thuế để thông báo dự án đã hoàn thành đưa vào hoạt động kèm theo các hồ sơ, tài liệu có liên quan để cơ quan thuế xem xét ra quyết định miễn, giảm tiền thuê đất chính thức;

Chậm nhất 30 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của cơ sở thực hiện xã hội hóa, cơ quan thuế phối hợp với các cơ quan có liên quan thực hiện theo quy định tại Điểm c Khoản này. Trường hợp cơ sở thực hiện xã hội hóa không đáp ứng các tiêu chí, quy mô, tiêu chuẩn do Thủ tướng Chính phủ quyết định thì cơ quan thuế có trách nhiệm báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xử lý theo quy định tại Điểm b Khoản này.

Trường hợp cơ sở thực hiện xã hội hóa được Nhà nước cho thuê đất dưới hình thức trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê và được miễn tiền thuê đất cho toàn bộ thời gian thực hiện dự án hoặc được miễn tiền thuê đất cho một số năm theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Mục này nhưng có nguyện vọng được nộp tiền thuê đất (không áp dụng chính sách ưu đãi) thì tiền thuê đất phải nộp được xác định theo chính sách và giá đất tại thời điểm được cơ quan có thẩm quyền cho phép nộp tiền. Tiền thuê đất được xác định cho thời hạn sử dụng đất là thời gian còn lại của dự án đầu tư. Cơ sở thực hiện xã hội hóa có các quyền đối với giá trị quyền thuê đất của thời hạn sử dụng đất còn lại theo quy định của pháp luật về đất đai tương ứng với hình thức sử dụng đất.

Trong trường hợp này, cơ sở thực hiện xã hội hóa được trừ chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng (nếu có) theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt còn lại (chưa phân bổ vào chi phí dự án) vào tiền thuê đất phải nộp, tối đa không vượt quá tiền thuê đất phải nộp; được tính giá trị quyền sử dụng đất thuê vào giá trị tài sản của dự án đầu tư và có các quyền và nghĩa vụ như tổ chức kinh tế được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất đối với thời hạn sử dụng đất còn lại theo quy định của pháp luật về đất đai.