Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại công văn số 8418/BTC-TCT hướng dẫn việc sử dụng hóa đơn, chứng từ khi quyết toán kinh phí KCB BHXH, với Trạm y tế xã được sử dụng biên lai của Bệnh viện huyện hoặc Trung tâm y tế huyện nơi chưa tách riêng bệnh viện huyện hoặc cơ sở y tế khác do Sở Y tế phê duyệt để ký hợp đồng thực hiện khám chữa bệnh ban đầu tại Trạm y tế xã cho người tham gia BHYT đến hết năm 2015.

Đối với Phòng khám đa khoa khu vực trực thuộc bệnh viện huyện hoặc Trung tâm y tế huyện thì sử dụng biên lai của bệnh viện huyện hoặc Trung tâm y tế huyện ký hợp đồng trực tiếp với tổ chức BHXH đến hết năm 2015.

Đối với đơn vị khác khác như: Ban bảo vệ chăm sóc sức khỏe cán bộ thuộc tỉnh, Phòng khám quân dân y kết hợp thuộc Bộ đội Biên Phòng... , các đơn vị sự nghiệp (không phải là DN, không có chức năng kinh doanh dịch vụ y tế) có ký hợp đồng khám chữa bệnh với cơ quan BHXH thì khi thanh toán chi phí khám chữa bệnh với cơ quan BHXH, đơn vị sử dụng phiếu thu, phiếu chi kèm theo các chứng từ thanh toán khác có liên quan việc thanh toán KCB BHYT.

Theo Bộ Tài chính, mặt hàng thuốc áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%. Với trường hợp trong gói dịch vụ chữa bệnh (theo quy định của Bộ Y Tế) bao gồm cả sử dụng thuốc chữa bệnh thì khoản thu từ tiền thuốc chữa bệnh nằm trong gói dịch vụ chữa bệnh cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.