Thông tư cũng quy định Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo sẽ đặt tại Sở Y tế, có con dấu riêng, được mở tài khoản tiền gửi tại kho bạc nhà nước để quản lý nguồn hỗ trợ từ ngân sách nhà nước. Ban Quản lý Quỹ bao gồm: Lãnh đạo UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây viết tắt là Ủy ban nhân dân tỉnh) làm Trưởng ban; lãnh đạo Sở Y tế là Phó trưởng ban thường trực; lãnh đạo Sở Tài chính làm Phó trưởng ban; đại diện lãnh đạo Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, Ban Dân tộc tỉnh và đại diện Mặt trận Tổ quốc tỉnh.

Theo đó, UBND tỉnh sẽ quy định cụ thể về trình tự, thủ tục và mức hỗ trợ tiền ăn, tiền đi lại, chi phí khám bệnh, chữa bệnh phù hợp với khả năng cân đối của ngân sách Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo địa phương.

Chủ tịch UBND tỉnh có trách nhiệm thành lập Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo theo quy định và phê duyệt Điều lệ hoạt động Quỹ. Sở Y tế có trách nhiệm tổ chức, quản lý và điều hành Quỹ theo quyết định của Chủ tịch UBND tỉnh.

Về phía Sở Y tế, Sở có trách nhiệm tổ chức, quản lý và điều hành Quỹ theo quyết định của Ủy ban nhân dân tỉnh; lập dự toán ngân sách Quỹ và kinh phí quản lý Quỹ gửi Sở Tài chính thẩm định trình Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét, quyết định trình Hội đồng nhân dân tỉnh phê duyệt; hằng năm, chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan tổng hợp tình hình thành lập và hoạt động của Quỹ trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh gửi Bộ Y tế để tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

Về việc lập, phân bổ, giao dự toán, quản lý, sử dụng và quyết toán Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo, Ngân sách Nhà nước sẽ hỗ trợ Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo để thực hiện các nội dung quy định tại tiết a Điểm 1 Khoản 2 Điều 1 Quyết định số 14/2012/QĐ-TTg (như mua thẻ bảo hiểm y tế cho người nghèo; hỗ trợ một phần viện phí cho các trường hợp gặp khó khăn đột xuất do mắc các bệnh nặng, chi phí cao khi điều trị ở bệnh viện Nhà nước, người nghèo, lang thang, cơ nhỡ) theo phân cấp quản lý ngân sách Nhà nước hiện hành.

Việc lập, tổng hợp, phân bổ, giao dự toán, quản lý, sử dụng và quyết toán Quỹ thực hiện theo các quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, các văn bản hướng dẫn Luật và các quy định hiện hành.

Đồng thời, kinh phí quản lý Quỹ được bố trí trong dự toán chi sự nghiệp y tế hằng năm của Sở Y tế.

Riêng trường hợp người bệnh tự lựa chọn cơ sở khám bệnh, chữa bệnh (trái tuyến, vượt tuyến) hoặc khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu thì thực hiện việc thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh theo quy định pháp luật về bảo hiểm y tế; Quỹ không hỗ trợ chi phí khám bệnh, chữa bệnh đối với các trường hợp này.

Thông tư có hiệu lực từ ngày 15/12/2013. Năm 2013, các địa phương chủ động bố trí kinh phí hỗ trợ Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo và kinh phí quản lý Quỹ trong dự toán chi ngân sách Nhà nước đã được giao. Trường hợp có khó khăn về kinh phí, các địa phương có văn bản báo cáo gửi về Bộ Tài chính để tổng hợp trình cấp có thẩm quyền xem xét, xử lý theo quy định.