Thứ nhất, Điều 6 Thông tư số 76/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện khoản 3 Điều 4 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP của Chính phủ không áp dụng đối với trường hợp Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất trực tiếp cho chủ đầu tư để thực hiện dự án xây dựng nhà ở để bán hoặc để bán kết hợp với cho thuê; trong trường hợp này chủ đầu tư dự án có nghĩa vụ phải nộp tiền sử dụng đất cho Nhà nước khi được giao đất theo quy định tại điểm b, c, đ Khoản 1 và Khoản 2 Điều 2 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP; Nhà nước không thu tiền sử dụng đất trực tiếp của các hộ dân mua nhà của chủ đầu tư. Việc mua, bán nhà giữa chủ đầu tư và các hộ dân được thực hiện theo quy định của pháp luật về dân sự và pháp luật về nhà ở.

Hướng dẫn tại Điều 6 Thông tư số 76/2014/TT-BTC nêu trên chỉ áp dụng đối với trường hợp Nhà nước phải phân bổ để xác định tiền sử dụng đất khi Nhà nước giao đất, công nhận quyền sử dụng đất  hoặc xác định giá trị tài sản là nhà gắn liền với đất đối với quỹ nhà thuộc sở hữu nhà nước tại các tòa nhà nhiều tầng (nhà cao tầng, nhà chung cư, nhà có mục đích sử dụng hỗn hợp) để phục vụ nhu cầu quản lý của Nhà nước. Trong trường hợp này, nếu Nhà nước bán nhà và giao đất trực tiếp cho các đối tượng sử dụng thì các đối tượng này có nghĩa vụ nộp tiền sử dụng đất cho Nhà nước.

Thứ hai, quy định tại khoản 3 Điều 4 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP và hướng dẫn tại Điều 6 Thông tư số 76/2014/TT-BTC không phải là điểm mới của Luật Đất đai năm 2013 mà chỉ là kế thừa và cụ thể hóa quy định có từ pháp luật đất đai năm 2003 (cụ thể là điểm 5 khoản 1 Điều 2 Nghị định số 120/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ và khoản 2 Điều 1 Thông tư số 93/2011/TT-BTC ngày 29/6/2011 của Bộ Tài chính) để đảm bảo tính hệ thống và thống nhất khi áp dụng văn bản quy phạm pháp luật.