Theo Thông tư, việc kiểm tra kinh doanh, hành nghề dịch vụ làm thủ tục về thuế của đại lý thuế được tiến hành cùng với việc kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế. Nội dung kiểm tra bao gồm: điều kiện kinh doanh, hành nghề dịch vụ làm thủ tục về thuế của đại lý thuế và nhân viên đại lý thuế, phạm vi và nội dung cung cấp dịch vụ cho người nộp thuế.

Các trường hợp kiểm tra đột xuất gồm: Đại lý thuế có hành vi kê khai không đúng thực tế hoặc gian lận, giả mạo hồ sơ đăng ký cấp giấy xác nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế; Đại lý thuế giúp người nộp thuế làm sai lệch hồ sơ thuế, làm giảm nghĩa vụ thuế hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, khấu trừ của người nộp thuế

Trình tự, thủ tục kiểm tra thực hiện theo các quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn về kiểm tra.

Cùng với đó, Bộ Tài chính cũng quy định rõ về việc xử lý vi phạm qua kiểm tra phải tuân thủ. Theo đó, các nội dung, trường hợp được nêu cụ thể tại Thông tư như sau:  

Trường hợp qua kiểm tra phát hiện các hành vi vi phạm đến mức đình chỉ kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế hoặc thu hồi giấy xác nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế của đại lý thuế, đình chỉ hoặc chấm dứt hành nghề của nhân viên đại lý thuế, Cục Thuế (nơi đại lý thuế đóng trụ sở) thực hiện việc đình chỉ, thu hồi, chấm dứt hành nghề theo quy định.

Nếu đơn vị tiến hành kiểm tra đại lý thuế không có thẩm quyền đình chỉ, thu hồi hoặc chấm dứt thì gửi văn bản đề nghị Cục Thuế có thẩm quyền thực hiện theo quy định.