Qua công tác quản lý thuế, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh nhận thấy, dấu hiệu chuyển giá xuất hiện trong các DN có giao dịch liên kết. Cụ thể, có phát sinh hiện tượng ký kết các hợp đồng cung ứng dịch vụ, nguyên liệu mua vào với mức giá cao, hàng hóa bán ra với đơn giá thấp nhằm tối đa hóa lợi nhuận. Mục đích chính là ẩn lậu thuế bằng cách chuyển thu nhập và lợi nhuận từ nước có thuế suất thu nhập DN (TNDN) cao sang nước có thuế suất thuế TNDN thấp. 

Thực tế cũng chứng minh, việc chuyển nhượng vốn thường được các bên thỏa thuận bằng "hợp đồng”, sau đó làm thủ tục liên quan để thay đổi tên các thành viên trên giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Từ đây, việc mua bán thể hiện qua nhiều hình thức mà cơ quan thuế chưa thể kiểm tra, kiểm soát một cách chặt chẽ. Có DN trên hợp đồng khai với cơ quan thuế có giá bán bằng vốn, không phát sinh thu nhập, nên không phải nộp thuế.

Có trường hợp, hợp đồng ghi giá trị cao nhưng thu nhập phát sinh thấp như Công ty CP hàng tiêu dùng Masan chuyển nhượng vốn cho Vietnam Growth Capital Pte.Ltd (Singapore) với giá chuyển nhượng theo hợp đồng là 1.061.861 triệu đồng so với giá vốn là 1.061.615 triệu đồng, dẫn đến thu nhập phát sinh chỉ có 246 triệu đồng và thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp 61 triệu đồng.

Ngoài  ra, một số khác lại kê khau mua cổ phần với giá cao sau đó chuyển nhượng với giá thấp hơn giá mua (lỗ) và đưa vào chi phí tài chính như Công ty TNHH xây dựng và kinh doanh bất động sản Êke khi lập tờ khai thuế TNDN đã đưa số lỗ của việc chuyển nhượng vốn trên để làm giảm thuế TNDN phải nộp khi quyết toán năm. Cá biệt, có những hợp đồng chuyển nhượng vốn có phát sinh chênh lệch lớn giữa giá chuyển nhượng và giá vốn nhưng không kê khai với cơ quan thuế. Tuy nhiên, nổi trội nhất vẫn là chiêu thức DN thành lập nhiều công ty, nhiều chi nhánh thay đổi nhiều địa điểm kinh doanh, khiến cho việc chuyển nhượng diễn ra lòng vòng để làm khó cơ quan quản lý.

Theo Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, hiện nay tồn tại thực tế cá nhân chuyển nhượng vốn chưa kê khai nộp thuế thu nhập cá nhân từ hoạt động chuyển nhượng vốn, chưa có chứng từ nộp thuế thu nhập cá nhân nhưng vẫn được cấp giấy đăng ký kinh doanh, cơ quan cấp giấy chứng nhận vẫn làm thủ tục chuyển quyền sở hữu. Trong khi đó, việc kê khai thuế là do cá nhân tự giác nếu cá nhân không kê khai thì cơ quan thuế cũng không có cơ sở để tính thuế. 

Để minh bạch trong quản lý và kiểm tra kê khai thuế đối với hoạt động chuyển nhượng vốn cần bổ sung quy định bắt buộc DN có hoạt động chuyển nhượng vốn cho tổ chức, cá nhân khác phải lập hóa đơn giá trị gia tăng và nộp thuế TNDN theo quy định. Bên cạnh đó cần bổ sung quy định buộc doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng thì phần giá trị vốn chuyển nhượng theo hợp đồng phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp không có chứng từ thanh toán cơ quan thuế có quyền ấn định giá chuyển nhượng và giá vốn chuyển nhượng theo quy định.