Năm 2012, ngành Hải quan được giao dự toán thu NSNN là 223.900 tỷ đồng. Tuy nhiên, do tình hình kinh tế thế giới và trong nước gặp khó khăn, cùng với sự thay đổi của một số chính sách thuế, chính sách mặt hàng, hạn chế nhập siêu... nên thu ngân sách của ngành Hải quan giảm so với năm 2011. Theo số liệu của Cục Thuế xuất nhập khẩu, Tổng cục Hải quan, năm 2012, Ngành chỉ thu được 197.845 tỷ đồng, đạt 88,4% so với dự toán, giảm 8,8% so với cùng kỳ 2011 (217.012 tỷ đồng). Có 13 đơn vị trong tổng số 33 đơn vị Hải quan không hoàn thành dự toán thu ngân sách, gồm: Hà Nội, Hải Phòng, TP. Hồ Chí Minh, Lạng Sơn, Hà Giang, Lào Cai, Nghệ An, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Gia Lai – Kon Tum, Bình Dương, Cần Thơ. Tổng dự toán của các đơn vị này 171.270 tỷ đồng chiếm 76,5% tổng dự toán toàn Ngành, số thu đạt 135.467 tỷ đồng, chiếm 68,5% tổng thu toàn Ngành.

Tuy vậy, trong năm nay, ngành Hải quan được Quốc hội giao dự toán thu ngân sách 237.500 tỷ đồng, tăng 20% so với năm 2012. Theo Cục trưởng Cục Thuế xuất nhập khẩu, Tổng cục Hải quan Lỗ Thị Nhụ, đây là nhiệm vụ khó khăn trong bối cảnh kinh tế thế giới và khu vực có nhiều biến động; trong nước, hàng hóa tồn kho nhiều, sản xuất đình trệ, nhiều doanh nghiệp kinh doanh không hiệu quả... Mặt khác, năm 2013 cũng là năm Việt Nam tiếp tục thực hiện các cam kết cắt giảm thuế theo lộ trình hội nhập quốc tế. Thách thức này đòi hỏi nỗ lực của ngành Hải quan, cũng như cần có sự điều chỉnh chính sách ở tầm vĩ mô, góp phần phục hồi sản xuất, đầu tư, xuất nhập khẩu của doanh nghiệp từ phía Nhà nước.

Về phía ngành Hải quan, cải cách hành chính, thực hiện thủ tục hải quan điện tử hiệu quả, từ đó giảm thời gian thông quan hàng hóa, tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu tiếp tục là nhiệm vụ ưu tiên. “Trọng tâm là triển khai mở rộng thủ tục hải quan điện tử  tại 13 Cục Hải quan còn lại; xem xét mở rộng số lượng doanh nghiệp ưu tiên làm thủ tục hải quan; tiếp tục triển khai Dự án Hiện đại hóa thu ngân sách giữa Thuế - Kho bạc - Hải quan, Cục trưởng Cục Thuế xuất nhập khẩu cho biết. Ngành cũng sẽ thực hiện sơ kết, đánh giá công tác phối hợp thu với các ngân hàng thương mại để mở rộng việc thực hiện phối hợp thu.

Bà Nhụ cho rằng, để thực hiện nhiệm vụ thu ngân sách năm 2013, Tổng cục Hải quan cần tham mưu Bộ Tài chính trình Chính phủ xem xét điều chỉnh các chính sách nhằm tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, kích cầu đầu tư, kích cầu tiêu dùng để giải phóng hàng tồn kho, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế. Đồng thời, sớm xây dựng các văn bản hướng dẫn Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, cùng với các điều kiện đảm bảo cho Luật đi vào thực hiện từ ngày 1.7.2013.

Các văn bản quy phạm pháp luật có nội dung sơ hở gây gian lận, thất thoát tiền thuế cũng cần được các cấp có thẩm quyền rà soát, sửa đổi. Cụ thể, kiến nghị ban hành thông tư thay thế Thông tư 165/2010/TT-BTC liên quan đến xuất nhập khẩu xăng dầu nhằm quản  lý, giám sát được việc xuất khẩu dầu thô, thu đúng, đủ các loại thuế; ban hành thông tư hướng dẫn xử lý xe ngoại giao chuyển đổi chủ sở hữu, tài sản di chuyển.

Để chống thất thu thuế, ngành Hải quan sẽ hoàn thiện và ban hành Danh mục rủi ro về giá đối với hàng nhập khẩu; tăng cường giám sát đối với hàng tạm nhập - tái xuất; chú trọng thu thập các nguồn thông tin về hàng hóa, người khai hải quan để phát hiện kịp thời các trường hợp sai phạm. Đồng thời, tăng cường chống buôn lậu, chống gian lận thương mại; tăng cường lực lượng tuần tra, kiểm soát các địa bàn trọng điểm; điều tra, xử lý các trường hợp buôn lậu, gian lận thương mại…

Bên cạnh việc triển khai quyết liệt các giải pháp thu ngân sách nội Ngành, Tổng cục Hải quan kiến nghị Chính phủ và các bộ, ngành chức năng cần điều chỉnh tăng thuế nhập khẩu đối với những mặt hàng trong nước đã sản xuất được; điều chỉnh thuế suất xăng dầu; tăng thuế suất thuế xuất khẩu đối với mặt hàng than kịp thời để tăng thu cho ngân sách; xem xét tạo điều kiện thuận lợi đối với việc cấp C/O ưu đãi cho hàng hóa gửi kho ngoại quan của chủ hàng nước ngoài xuất khẩu sang các nước là thành viên Hiệp định FTA…