Ngay năm đầu của kế hoạch 5 năm lần thứ nhất, Hội đồng Chính phủ đã ra Nghị định ban hành điều lệ lập và chấp hành ngân sách Nhà nước. Khác với những quy định trước đây, điều lệ lần này đã định rõ, đầy đủ nội dung các khoản thu chi được ghi vào dự án ngân sách Nhà nước; trình tự và thời hạn lập dự án ngân sách Nhà nước; trách nhiệm của các ngành các cấp trong việc lập và chấp hành ngân sách Nhà nước. Về cơ cấu hệ thống ngân sách Nhà nước điều lệ xác định rõ: ngân sách Nhà nước gồm có ngân sách Trung ương và ngân sách địa phương.

Ngân sách địa phương gồm ngân sách tỉnh thành phố và khu trực thuộc Trung ương. Ngân sách xã đã thành một cấp ngân sách, nhưng do trình độ còn thấp, nên chưa được đặt vào trong hệ thống ngân sách Nhà nước thống nhất. Việc phân cấp thu chi giữa ngân sách Trung ương và ngân sách địa phương được dựa theo chế độ phân cấp quản lý kinh tế và tài chính của Nhà nước nhằm đảm bảo nhu cầu kinh phí của Nhà nước trung ương đồng thời nâng cao tính tích cực của địa phương trong việc bảo đảm sự phát triển nhanh chóng và cân đối giữa các địa phương, giúp đỡ các dân tộc ít người mau tiến kịp trình độ kinh tế và văn hóa chung cả nước.

Trong giai đoạn này, điều lệ lập và chấp hành ngân sách Nhà nước đã góp phần làm cho ngân sách Nhà nước phục vụ đắc lực cho sự nghiệp xây dựng kinh tế trong thời kỳ kế hoạch 5 năm lần thứ nhất. Bằng những biện pháp bổ sung, cải tiến chế độ tăng cường quản lý thu chi và tăng cường quản lý ngân sách nói trên, ngân sách Nhà nước trong những năm 1961 - 1965 đã có những chuyển biến tích cực. Cụ thể: (i) Tỷ lệ động viên tài chính trong thu nhập quốc dân thời kỳ này là 28 - 30%, cao hơn thời kỳ 1958 - 1960 từ 2 - 3%; (ii) Hệ thống tài chính đã cố gắng phát huy hiệu quả sự giúp đỡ của các nước anh em để tập trung phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa xã hội chủ nghĩa.

Vốn tích lũy ngân sách nhà nước giai đoạn này phần lớn dựa vào nguồn tích lũy từ nội bộ nền kinh tế quốc dân. Phần thu trong nước chiếm tỷ trọng 70 - 80% trong tổng số thu của ngân sách Nhà nước; (iii) Số thu từ kinh tế quốc doanh trong các năm từ 1961 - 1964 bằng 2,2 lần số thu cùng loại trong thời kỳ 1958 - 1960. Bình quân trong 4 năm đó, số thu từ kinh tế quốc doanh chi 85% tổng số thu trong nước hoặc trên dưới 70% tổng số thu ngân sách Nhà nước; (iv) Trừ năm 1965 là năm có chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, trong những năm 1961 - 1964, ngân sách Nhà nước đều đặt cân đối tích cực.

Mỗi năm số thu và chi ngân sách đều tăng từ 5% - 10% đồng thời năm nào cũng bội thu và có kết dư một ít: 1,3% năm 1961, 1,18% năm 1962, 1,6% năm 1963 và 1,2% năm 1964 so với tổng số thu ngân sách trong năm. Do phân cấp quản lý, khuyến khích và nâng cao tính chủ động của các địa phương nên trong quản lý ngân sách, tỷ lệ phần kết dư của ngân sách địa phương thường lớn hơn tỷ lệ phần kết dư của ngân sách trung ương. Năm 1965, do có chiến tranh, ngân sách Nhà nước bội chi 6,5% so với tổng số chi. Phần bội chi này cũng chủ yếu ở ngân sách trung ương.

Về chi, từ năm 1961 - 1964 hàng năm, 50% số chi của ngân sách Nhà nước được giành cho xây dựng cơ bản, trong đó có gần một nửa là xây dựng phát triển công nghiệp và xấp xỉ 1/5 dùng để xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho nông nghiệp: Trong tổng số chi cho công nghiệp của thời kỳ kế hoạch 5 năm lần thứ nhất thì hơn 3/4 được tập trung cho công nghiệp nặng. Trong đó 20% dành cho ngành điện lực; gần 30% dành cho ngành luyện kim; 16% dành cho ngành than, 17% dành cho ngành hóa chất phân bón; 6% dành cho ngành cơ khí và 5% dành cho ngành vật liệu xây dựng. Công nghiệp nhẹ, tuy vốn đầu tư ít hơn, nhưng do đặc điểm của công nghiệp nhẹ là đầu tư ít, thu hồi vốn nhanh nên không phải vì thế mà công nghiệp nhẹ kém phát triển, ngược lại tốc độ tăng khá cao, bình quân hàng năm từ 1955 - 1964 là 22,4%.

Số đầu tư của ngân sách nhà nước vào nông nghiệp (kể cả trực tiếp và gián tiếp) tăng nhanh qua các năm. Năm 1960 số đó là 100 thì năm 1964 là 234. Còn phải chú ý thêm rằng với chủ trương mở rộng tín dụng dài hạn vào kinh tế tập thể, đặc biệt là khu vực nông nghiệp, ngân sách đã tăng mạnh số vốn chuyển sang ngân hàng để cho vay, năm 1964 gấp 4,5 lần so với năm 1960. Do đó, tuy có năm bị thiên tai nhưng giá trị tổng sản lượng nông nghiệp hàng năm vẫn tăng bình quân 4,1% so với năm 1959 là năm được mùa lớn. Khối lượng sản phẩm hàng hoá của nông nghiệp miền Bắc tăng lên nhanh chóng và số nông sản do thương nghiệp quốc doanh và hợp tác xã mua bán thu mua năm 1964 tăng hơn 2 lần so với năm 1960.

Như vậy ngân sách Nhà nước trong thời gian kế hoạch 5 năm lần thứ nhất phát triển rất lành mạnh, ngày càng thể hiện rõ tính chất sản xuất và xây dựng, phục vụ đắc lực cho bước khởi đầu công nghiệp hoá xã hội chủ nghĩa ở miền Bắc nước ta.