Theo Bộ trưởng Fumio Kishida, hai bên đã gần đạt được thỏa thuận rộng lớn về thương mại tự do nhưng hiện vẫn còn một số vấn đề cần thảo luận thêm. 

Các cuộc đàm phán về Hiệp định thương mại tự do Nhật Bản​ - EU, được khởi động từ tháng 4/2013, đã để lỡ mục tiêu ban đầu đạt được thỏa thuận vào cuối năm 2015. Việc ký hiệp định nay lại bị trì hoãn thêm một lần nữa cho đến năm 2017, do các cuộc đàm phán giữa hai bên về thuế đối với nông sản, thực phẩm chế biến và ô tô gặp nhiều khó khăn. 

Phía Nhật Bản đang tìm cách dỡ bỏ các loại thuế mà EU áp đặt lên ô tô và các thiết bị điện tử của "đất nước hoa anh đào," trong khi EU muốn Nhật Bản loại bỏ hoặc giảm thuế đối với các sản phẩm nông nghiệp như phô mai, rượu và thịt lợn nhập từ thị trường khối này. 

Thỏa thuận này được đánh giá là quan trọng hơn bao giờ hết đối với Nhật Bản, trong bối cảnh Tổng thống đắc cử Donald Trump nhiều lần nói rằng sẽ rút khỏi Hiệp định Đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP) ngay sau khi ông nhậm chức. 

Nhật Bản hy vọng Hiệp định thương mại tự do với EU sẽ giúp đưa ông Trump quay lại với TPP hoặc góp phần bù đắp phần nào những thua thiệt do việc không ký kết được TPP gây ra. 

Nhật Bản là đối tác thương mại lớn thứ bảy của EU, trong khi EU là đối tác thương mại lớn thứ ba của Nhật Bản, sau Trung Quốc và Mỹ. Thương mại giữa Nhật Bản và EU đạt xấp xỉ khoảng 16.600 tỷ yen (khoảng 140,5 tỷ USD) tổng cộng.