Một trong những nội dung quan trọng của Nghị định số 20/2025/NĐ-CP là sửa đổi, bổ sung các quy định liên quan đến xác định quan hệ liên kết giữa các doanh nghiệp. Theo đó, quy định tại điểm d khoản 2 Điều 5 của Nghị định số 132/2020/NĐ-CP về tiêu chí xác định quan hệ liên kết giữa các doanh nghiệp đã có sự điều chỉnh.

Trước đây, một doanh nghiệp được coi là có quan hệ liên kết nếu bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn với tổng vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu doanh nghiệp đi vay và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đó. Nghị định mới thay đổi tiêu chí này, quy định rằng quan hệ liên kết sẽ xác định dựa trên tổng dư nợ các khoản vay giữa hai doanh nghiệp, thay vì tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn.

Ngoài ra, Nghị định số 20/2025/NĐ-CP cũng bổ sung các trường hợp không thuộc phạm vi áp dụng của điểm d khoản 2 Điều 5. Cụ thể, doanh nghiệp cho vay hoặc bảo lãnh là tổ chức tín dụng hoạt động theo Luật Các tổ chức tín dụng 2024, không trực tiếp hay gián tiếp điều hành, kiểm soát doanh nghiệp đi vay, sẽ không bị coi là có quan hệ liên kết. Bên cạnh đó, nếu doanh nghiệp cho vay hoặc bảo lãnh là tổ chức tín dụng và doanh nghiệp đi vay không cùng chịu sự kiểm soát của một bên thứ ba thì cũng không bị xác định là có quan hệ liên kết.

Nghị định mới cũng điều chỉnh quy định tại điểm k khoản 2 Điều 5. Trước đây, điểm k chỉ xác định doanh nghiệp có quan hệ liên kết nếu một bên chịu sự kiểm soát thực tế của bên kia. Nay, Nghị định bổ sung thêm trường hợp chi nhánh hạch toán độc lập cũng được coi là bên liên kết nếu chịu sự điều hành từ doanh nghiệp mẹ.

Một điểm mới quan trọng khác là việc bổ sung điểm m khoản 2 Điều 5. Theo đó, quan hệ liên kết nay bao gồm cả tổ chức tín dụng với công ty con, công ty kiểm soát hoặc công ty liên kết của tổ chức tín dụng theo quy định tại Luật Các tổ chức tín dụng.

Bên cạnh việc điều chỉnh phạm vi xác định quan hệ liên kết, Nghị định số 20/2025/NĐ-CP cũng mở rộng trách nhiệm của Ngân hàng Nhà nước trong việc cung cấp thông tin cho cơ quan thuế. Theo quy định trước đây, Ngân hàng Nhà nước có trách nhiệm cung cấp số liệu về các khoản vay, trả nợ nước ngoài của doanh nghiệp có giao dịch liên kết theo yêu cầu của cơ quan thuế. Nay, Nghị định bổ sung thêm trách nhiệm của Ngân hàng Nhà nước trong việc phối hợp cung cấp thông tin về người có liên quan của thành viên Hội đồng quản trị, Hội đồng thành viên, Ban Kiểm soát, Giám đốc, Phó Giám đốc của tổ chức tín dụng. Đồng thời, Ngân hàng Nhà nước cũng phải cung cấp thông tin về người có liên quan của cổ đông sở hữu từ 1% vốn điều lệ trở lên, cũng như công ty liên kết của tổ chức tín dụng theo dữ liệu quản lý của Ngân hàng Nhà nước khi có yêu cầu từ cơ quan thuế.

Theo đánh giá của nhiều chuyên gia, việc sửa đổi, bổ sung các quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết nhằm tăng cường tính minh bạch, hạn chế các hành vi chuyển giá và đảm bảo công bằng trong nghĩa vụ thuế. Đồng thời, việc mở rộng trách nhiệm của Ngân hàng Nhà nước giúp nâng cao hiệu quả kiểm tra, giám sát các giao dịch tài chính liên quan đến quan hệ liên kết.

Nghị định số 20/2025/NĐ-CP dự kiến sẽ tác động đáng kể đến hoạt động của các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, đặc biệt là các tập đoàn, tổ chức tín dụng và công ty có quan hệ đầu tư chéo. Tổng cục Thuế khuyến cáo, doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại các giao dịch tài chính và chính sách thuế để đảm bảo tuân thủ các quy định mới.