Chương trình doanh nghiệp nhờ thu” vận hành theo quy trình sau:

Doanh nghiệp phải đăng ký tham gia Chương trình doanh nghiệp nhờ thu; đăng ký thông tin ủy quyền trích nợ tài khoản khi người nộp thuế đăng ký thông tin trực tiếp tại Cổng thanh toán điện tử hải quan hoặc đăng ký tại ngân hàng phối hợp thu đã triển khai nộp thuế điện tử 24/7.

Sau khi đăg ký tham gia, doanh nghiệp tiến hành các bước làm thủ tục Ủy quyền trích nợ tài khoản với ngân hàng giữ tài khoản của doanh nghiệp đã triển khai nộp thuế điện tử 24/7. Ngân hàng giữ tài khoản của doanh nghiệp gửi lại thông tin doanh nghiệp đã đăng ký Ủy quyền trích nợ tài khoản với ngân hàng sang Tổng cục Hải quan.

Cổng thanh toán điện tử và thông quan 24/7 của cơ quan Hải quan cập nhật thông tin vào hệ thống và doanh nghiệp hoàn tất việc đăng ký tham gia và đăng ký ủy quyền trích nợ tại Chương trình doanh nghiệp nhờ thu.

Sau khi hoàn tất việc đăng ký, hệ thống của hải quan sẽ căn cứ số tiền còn nợ thuế và thu khác trên hệ thống kế toán thuế để chuyển thông tin còn phải thu sang ngân hàng để ngân hàng thực hiện trích nợ tài khoản nộp tiền thuế và thu khác cho doanh nghiệp.

Về thanh toán trừ nợ đối với các phát sinh mới, trình tự thực hiện: Doanh nghiệp khai báo làm thủ tục hải quan, ngay sau khi khai báo chính thức (đối với tờ khai luồng Xanh) hoặc sau khi hoàn thành thủ tục hải quan sẽ xác định chính xác số thuế phải nộp cho tờ khai đang chờ thông quan cập nhật vào hệ thống kế toán tập trung. Căn cứ số thuế phải nộp trên hệ thống kế toán tập trung, trên cơ sở danh sách doanh nghiệp tham gia Chương trình doanh nghiệp nhờ thu, hệ thống của hải quan sẽ tự động chuyển thông tin số thuế phát sinh nợ thuế theo từng tờ khai đến ngân hàng mà doanh nghiệp đã ủy quyền trích nợ tài khoản nộp thuế.

Ngân hàng căn cứ số dư tài khoản của doanh nghiệp và danh sách doanh nghiệp đã đăng ký ủy quyền trích nợ tài khoản, nếu phù hợp thông tin đăng ký và đủ số dư trích nợ tài khoản thì thực hiện trích nợ tài khoản của doanh nghiệp và chuyển thông tin số tiền đã trích nợ tài khoản nộp thuế sang Tổng cục Hải quan để thanh toán trừ nợ theo từng tờ khai, chi tiết sắc thuế và chuyển tiền và thông tin nộp tiền tài khoản của cơ quan Hải quan tại Kho bạc Nhà nước.

Trường hợp tài khoản của doanh nghiệp không đủ số dư, ngân hàng sẽ phản hồi cho doanh nghiệp biết thông quan Cổng thanh toán điện tử và thông quan 24/7. doanh nghiệp có thể nộp bổ sung tiền vào tài khoản để đủ số dư thanh toán các khoản còn nợ và thông báo cho cơ quan hải quan biết qua Cổng thanh toán điện tử và thông quan 24/7 để tiếp tục xử lý tự động trừ nợ các tờ khai còn phải thu theo thứ tự tờ khai phát sinh nợ từ xa tới gần. Hoặc doanh nghiệp có thể thực hiện chuyển sang nộp thuế điện tử 24/7 hoặc nộp trực tiếp tại ngân hàng thương mại/Kho bạc Nhà nước để thông quan kịp thời thông quan hàng hóa.

Cuối cùng, căn cứ thông tin đã nộp thuế và thu khác, Hệ thống kế toán tập trung cập nhật thông tin và hạch toán trừ nợ chi tiết theo từng tờ khai, sắc thuế, chuyển thông tin xác nhận đã hoàn thành nghĩa vụ thuế sang VNACCS để thông quan hàng hóa.

Điều kiện tham gia Chương trình nộp thuế điện tử doanh nghiệp nhờ thu:

Đối với ngân hàng: Phải là ngân hàng phối hợp thu với Tổng cục Hải quan đã triển khai thanh toán điện tử và thống quan 24/7. Đã phát triển hệ thống công nghệ đáp ứng triển khai chương trình Doanh nghiệp nhờ thu.

Đối với doanh nghiệp: Đăng ký tham gia Chương trình doanh nghiệp nhờ thu với Hải quan. Đã ký Ủy quyền trích nợ tài khoản với ngân hàng giữ tài khoản của doanh nghiệp đã triển khai nộp thuế điện tử 24/7; Chỉ được đăng ký ủy quyền trích nợ tại 01 tài khoản của 01 ngân hàng. Trên tài khoản đăng ký ủy quyền trích nợ có đủ tiền để thanh toán khi phát sinh nợ thuế và thu khác.

Hiện tại, có 05 ngân hàng được lựa chọn triển khai chính thức trong đợt này sau khi có kết quả kiểm thử hệ thống gồm: Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam (Vietinbank); Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV); Ngân hàng TMCP Tiên Phong (TPBank); Ngân hàng TMCP Việt Nam Thịnh Vượng (VPBank); Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank).