Bộ Tài chính cũng là cơ quan hướng dẫn chuẩn bị nội dung liên quan đến điều kiện sử dụng vốn, quản lý tài chính của các chương trình, dự án và là đại diện chính thức cho “bên vay” đối với các khoản vốn vay ODA và vốn vay ưu đãi nhân danh Nhà nước hoặc Chính phủ với các nhà tài trợ, trừ các khoản vay do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam là đại diện cho Việt Nam và được ủy quyền ký kết điều ước quốc tế về khoản vay đó.

Trong lĩnh vực quản lý tài chính của các chương trình, dự án, Chính phủ giao Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, cơ quan chủ quản và các cơ quan liên quan trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cơ chế tài chính trong nước áp dụng đối với các chương trình, dự án có sử dụng ODA vốn vay và vốn ưu đãi trước khi ký kết điều ước quốc tế cụ thể về ODA và vốn vay ưu đãi.

Đối với các chương trình, dự án có sử dụng vốn ODA viện trợ không hoàn lại thuộc thẩm quyền phê duyệt Danh mục tài trợ của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cơ chế tài chính trong nước.

Bộ Tài chính cũng sẽ quy định cụ thể thủ tục rút vốn và quản lý vốn của các chương trình, dự án; đồng thời chủ trì, hướng dẫn thực hiện và giải quyết các vấn đề vướng mắc liên quan đến thuế và phí đối với các chương trình, dự án; bố trí vốn ngân sách nhà nước và các nguồn vốn khác để trả nợ các khoản vốn vay ODA và vốn vay ưu đãi khi đến hạn.