Mục tiêu tổng quát của Đề án là xây dựng thị trường vận tải cạnh tranh lành mạnh, phát huy thế mạnh của từng phương thức vận tải và phát triển vận tải đa phương thức; ứng dụng các công nghệ vận tải tiến tiến để tạo thuận lợi cho lưu thông hàng hóa, giảm chi phí logistics của nền kinh tế trong điều kiện hội nhập, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia.

Cụ thể, tăng cường quản lý nhà nước, đổi mới và hoàn thiện thể chế chính sách về vận tải, tạo môi trường pháp lý đầy đủ, có hiệu lực cao, phân định rõ chức năng quản lý nhà nước và kinh doanh thương mại, bảo đảm các điều kiện cần thiết để tái cơ cấu lực lượng vận tải, đẩy mạnh xã hội hóa, khuyến khích các thành phần kinh tế tham gia đầu tư kinh doanh vận tải.

Cùng với đó là nâng cao năng lực hoạt động, hiệu quả sản xuất kinh doanh, sức cạnh tranh của các doanh nghiệp vận tải; hoàn thành cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước trong lĩnh vực vận tải. Hình thành được các doanh nghiệp vận tải có năng lực, khả năng liên kết các chuỗi vận tải và dịch vụ logistics để cung cấp vận tải đa phương thức, vươn ra thị trường quốc tế, đặc biệt là trong lĩnh vực hàng hóa đường sắt, hàng không.

Phát triển hợp lý các phương thức vận tải gắn với các nhiệm vụ tái cơ cấu vận tải; tăng cường kết nối giữa các phương thức để phát triển vận tải đa phương thức, đặc biệt là trên các hành lang vận tải chính; nâng cao chất lượng dịch vụ và giảm chi phí vận tải, đưa chi phí vận tải hàng hóa xuống còn khoảng 10% tổng giá trị sản phẩm quốc nội, góp phần giảm chi phí logistics của Việt Nam xuống tương đương khoảng 15% GDP.

Bên cạnh đó, ưu tiên phát triển vận tải đa phương thức trên các hành lang vận tải chính, đặc biệt là hành lang Bắc Nam và các hành lang kết nối với các cảng biển cửa ngõ quốc tế nhằm tăng khối lượng hàng hóa vận chuyển, giảm chi phí vận tải biển, giảm chi phí logistics đối với hàng hóa xuất nhập khẩu; đẩy mạnh kết nối vận tải đa phương thức giữa các cảng biển khu vực Cái Mép - Thị Vải với thị trường Camphuchia, các cảng khu vực Hải Phòng với Tây Nam Trung Quốc, các cảng khu vực miền Trung với Lào, Thài Lan và Myanmar. 

Để đạt các mục tiêu trên, Đề án sẽ ưu tiên tập trung phát triển những hạ tầng lớn, hiện đại, có sức lan tỏa: Nâng cấp Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất, xây dựng Cảng hàng không quốc tế Long Thành, cao tốc Bắc - Nam phía Đông, một số đoạn tuyến quan trọng thuộc đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam. 

Nâng cấp, cải tạo kết cấu hạ tầng phục vụ vận tải container đường thủy nội địa và các dịch vụ logistics tại khu vực Hải Phòng, Hà Nội, TP Hồ Chí Minh và Cần Thơ. Nâng cao kết nối dịch vụ vận tải giữa các phương thức thông qua việc kết nối hoạt động của các doanh nghiệp; khuyến khích, tạo điều kiện hình thành các doanh nghiệp vận tải có quy mô lớn...