Thông tư nêu rõ về cơ chế chứng nhận xuất xứ và kiểm tra, xác minh xuất xứ hàng hóa. Theo đó, đối với Chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), Thông tư quy định: Để được hưởng ưu đãi thuế quan, tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu, nhà nhập khẩu phải nộp cho cơ quan hải quan nước thành viên nhập khẩu C/O mẫu D hoặc chứng từ tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa, kèm theo các chứng từ liên quan.

Trong trường hợp C/O mẫu D bị cơ quan hải quan hoặc các cơ quan có liên quan của Nước thành viên nhập khẩu từ chối, C/O đó sẽ được đánh dấu vào ô số 4 và gửi lại cho cơ quan, tổ chức cấp C/O trong một khoảng thời gian hợp lý nhưng không quá 60 ngày. Nước thành viên nhập khẩu phải thông báo cho cơ quan, tổ chức cấp C/O lý do đã từ chối không cho hưởng ưu đãi thuế quan.

Trong trường hợp chứng từ tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa bị cơ quan hải quan của Nước thành viên nhập khẩu từ chối, chứng từ tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa đó được gửi lại cho cơ quan có thẩm quyền của Nước thành viên xuất khẩu trong một khoảng thời gian hợp lý nhưng không quá 60 ngày. Nước thành viên nhập khẩu phải thông báo cho cơ quan có thẩm quyền của Nước thành viên xuất khẩu lý do đã từ chối không cho hưởng ưu đãi thuế quan.

Về thời hạn hiệu lực của Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, Thông tư quy định: Chứng nhận xuất xứ của hàng hóa, Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa có hiệu lực trong vòng 12 tháng kể từ ngày cấp hoặc kể từ ngày phát hành và phải được nộp cho cơ quan hải quan Nước thành viên nhập khẩu trong thời hạn đó.

Trường hợp Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa được nộp cho cơ quan hải quan của Nước thành viên nhập khẩu sau thời hạn quy định trên, Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa đó vẫn được chấp nhận nếu việc không tuân thủ thời hạn nêu trên là do bất khả kháng hoặc do những nguyên nhân chính đáng khác nằm ngoài kiểm soát của Nhà xuất khẩu.

Trong các trường hợp nộp muộn khác, cơ quan hải quan của Nước thành viên nhập khẩu có thể chấp nhận Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa đó với điều kiện hàng hóa được nhập khẩu trước khi hết thời hạn hiệu lực của Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa.

Được nộp C/O điện tử thay cho C/O giấy

Theo Thông tư, C/O điện tử có thể được nộp, được cấp và được chấp nhận thay cho C/O giấy, với hiệu lực pháp lý tương đương.

Để được hưởng ưu đãi thuế quan, tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu, Nhà nhập khẩu phải khai báo thông tin về số tham chiếu của C/O điện tử trên tờ khai hải quan nhập khẩu, nộp kèm theo các chứng từ chứng minh (như hóa đơn thương mại và vận tải đơn chở suốt được cấp trên lãnh thổ của nước thành viên xuất khẩu trong trường hợp hàng hóa được vận chuyển qua lãnh thổ của một hoặc nhiều nước trung gian không phải là Nước thành viên theo quy định tại Điều 21 của Phụ lục này) và các tài liệu khác theo quy định của pháp luật Nước thành viên nhập khẩu.

Để phục vụ việc kiểm tra xuất xứ hàng hóa theo quy định, nhà sản xuất hoặc nhà xuất khẩu khi đề nghị cấp C/O điện tử phải lưu trữ chứng từ đề nghị cấp C/O điện tử trong thời hạn ít nhất là 3 năm kể từ ngày được cấp C/O điện tử theo quy định của pháp luật Nước thành viên xuất khẩu.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 16/7/2022.