Luật Bảo vệ môi trường số 55/2014/QH13 quy định: “Đa dạng hóa các nguồn vốn đầu tư cho bảo vệ môi trường; Bố trí khoản chi riêng cho bảo vệ môi trường trong ngân sách với tỷ lệ tăng dần theo tăng trưởng chung; Các nguồn kinh phí bảo vệ môi trường được quản lý thống nhất và ưu tiên sử dụng  cho các lĩnh vực trọng điểm trong bảo vệ môi trường”.

Thêm vào đó, theo Luật NSNN 2015 quy định, các khoản thu ngân sách theo quy định được tổng hợp vào ngân sách chung mà không gắn với nhiệm vụ chi cụ thể. Hàng năm, kinh phí NSNN bố trí cho các nhiệm vụ bảo vệ môi trường căn cứ vào yêu cầu bảo vệ môi trường cũng như giải quyết các vấn đề về môi trường trong ngắn hạn và dài hạn.

Thực hiện chủ trương này, trong kế hoạch ngân sách hàng năm đều được xây dựng và bố trí kinh phí chi cho bảo vệ môi trường. Các khoản chi cho bảo vệ môi trường đều được lập dự toán và thực hiện quyết toán chi theo đúng Luật NSNN.

Thực tế tại Việt Nam những năm vừa qua cho thấy, tăng trưởng kinh tế cao kèm theo đó là mức độ gây ô nhiễm môi trường rất nghiêm trọng, do nền kinh tế phát triển chủ yếu dựa vào khai thác tài nguyên thiên nhiên mà chưa dựa vào phát triển ứng dụng công nghệ cao. Trong khi đó, thuế Bảo vệ môi trường thu được không đủ bù chi, vì theo thống kê của Bộ Tài chính số chi bình quân hàng năm cho bảo vệ môi trường luôn vượt quá số thu.

Số liệu thống kê của Bộ Tài chính cho thấy, chi ngân sách cho bảo vệ môi trường trong giai đoạn 2012 – 2016 là 131.857 tỷ đồng, trong đó, chi thường xuyên cho bảo vệ môi trường thuộc của cả ngân sách trung ương và địa phương khoảng 89.131 tỷ đồng; Chi cho ngành Tài nguyên và môi trường thực hiện các nhiệm vụ chi bảo vệ môi trường là 24.246 tỷ đồng; Chi dự phòng ngân sách Trung ương để phòng chống, khắc phục thiên tai 18.480 tỷ đồng. Trong khi đó, số thu từ thuế Bảo vệ môi trường trong giai đoạn 2012-2016 là 105.985 tỷ đồng.

Với số chi thực tế như trên, tỷ lệ chi ngân sách cho bảo vệ môi trường đã đạt khoảng 2% tổng chi NSNN, đồng thời, số chi cho bảo vệ môi trường đã vượt quá số thu.

Thêm vào đó, các khoản chi ngân sách cho bảo vệ môi trường bao gồm cả chi trực tiếp và gián tiếp. Do chi gián tiếp cho bảo vệ môi trường được lồng ghép trong các nội dung chi khác của NSNN nên không thể thống kê đầy đủ (Chẳng hạn như việc chi NSNN cho phòng và chữa các bệnh gây ra bởi khói thuốc lá là một phần của chi cho y tế).

Ngoài ra, bên cạnh các nguồn chi NSNN trực tiếp cho môi trường, còn có nguồn chi từ các hoạt động kinh tế, chi đầu tư phát triển, chi từ dự phòng của ngân sách địa phương cho các nhiệm vụ bảo vệ môi trường và các khoản vay, viện trợ chi trực tiếp cho dự án về bảo vệ môi trường không đưa vào NSNN. Một số nội dung, nhiệm vụ do NSNN chi trả cũng góp phần quan trọng cho bảo vệ môi trường như dự án Xây dựng tuyến đường sắt trên cao, các dự án, chương trình khoa học công nghệ ứng dụng công nghệ xanh, bền vững…

Vì vậy, có năm thu từ thuế bảo vệ môi trường ít nhưng chi nhiều, có năm chi nhiều nhưng không thu. Ví dụ, hàng chục năm trước chúng ta không thu thuế bảo vệ môi trường, nhưng vì nhiệm vụ bảo vệ môi trường, chúng ta đã phải chi từ thời kỳ đó.

Chính vì thế, nếu nói rằng trong 1 năm số thuế thu về phải đảm bảo chi cho năm đó, thì chưa hẳn đúng, mà phải xem xét theo chức năng, nhiệm vụ của Chính phủ, cũng như tính dài hạn của vấn đề sản xuất, xã hội và môi trường.

Tuy nhiên, với số liệu về chi ngân sách trực tiếp cho bảo vệ môi trường cho thấy, trong nhiều năm qua, chính sách tài chính bảo vệ môi trường đã cụ thể hóa tốt chủ trương của Đảng và Nhà nước về bảo vệ môi trường.