Trường hợp có dấu hiệu vi phạm đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự thì khởi tố vụ án theo thẩm quyền. Trường hợp vượt thẩm quyền hoặc đối với vụ việc phức tạp, đối tượng trốn tránh, không hợp tác thì tập hợp hồ sơ chuyển cơ quan Công an điều tra, xử lí theo quy định.

Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu Cục trưởng các Cục Hải quan tỉnh, thành phố phải chịu trách nhiệm chỉ đạo sâu sát, tăng cường kiểm tra, thanh tra, giám sát kiểm tra đột xuất trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan đối với các mặt hàng nêu trên.

Theo Tổng cục Hải quan, thời gian gần đây, tại tuyến biên giới cửa khẩu đường bộ trọng điểm là các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, An Giang, Kiên Giang... có dấu hiệu nhiều đối tượng xuất khống hàng hóa, quay vòng hàng hóa, ngoại hối... để hoàn thuế GTGT nhằm chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước.

Kết quả thanh tra, kiểm tra, điều tra xác minh ban đầu phát hiện một số DN có hoạt động hoàn thuế GTGT trong năm 2012 thì số hàng hóa XK và tiền Việt Nam chuyển từ các nước láng giềng có chung đường biên giới vào Việt Nam để thanh toán hàng XK tăng đột biến.

Các mặt hàng XK để hoàn thuế GTGT chủ yếu là hàng nông, lâm, thủy, hải sản, vật liệu xây dựng, điện thoại di động... với các phương thức, thủ đoạn như: Lợi dụng quy định thuận lợi trong việc thành lập, giải thể DN; lợi dụng quy định cho phép DN tự in ấn, phát hành hóa đơn GTGT, các đối tượng đã thu gom hóa đơn ở nhiều địa bàn, nhiều DN khác nhau để làm chứng từ đầu vào, hợp thức hóa nguồn gốc các lô hàng XK; lợi dụng quy định của ngân hàng cho phép người nước ngoài mở tài khoản vãng lai để thanh toán tiền hàng hóa XNK bằng tiền Việt Nam đồng; lợi dụng sự thông thoáng về thủ tục hải quan, nhất là thủ tục hải quan đối với hàng XK để khai sai chủng loại, khai khống số lượng hàng hóa để tăng giá trị hàng hóa XK được hoàn thuế GTGT...