Trong đó, Bộ Tài chính yêu cầu các đơn vị tăng cường quản lý việc hoàn thuế GTGT cho các tổ chức, cá nhân có hoạt động xuất khẩu hàng hóa qua biên giới đất liền thuộc 1 trong 3 trường hợp: (i)  Mới thành lập trong thời gian 24 tháng trở lại tính đến ngày cơ quan thuế nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, không trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu, có quy mô kinh doanh hợp lý và không có cơ sở vật chất hoặc cơ sở vật chất không tương ứng với sản phẩm hàng hóa xuất khẩu; (ii) Việc nhận thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu từ tài khoản vãng lai của người mua nước ngoài mở tại ngân hàng thương mại Việt Nam và hàng xuất khẩu thuộc loại có rủi ro; (iii) Thuộc danh sách doanh nghiệp được phân loại rủi ro cao về thuế hải quan.

Đối với các hàng hóa xuất khẩu thuộc 3 trường hợp nêu trên, cơ quan Hải quan phải kiểm tra thực tế (100%), cán bộ kiểm tra ghi cụ thể, đầy đủ kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa và phương tiện vận chuyển hàng hóa xuất khẩu đồng thời thực hiện xác nhận thực xuất trên tờ khai xuất khẩu.

Đối với trường hợp khách nhập cảnh mang tiền vượt mức quy định của Ngân hàng Nhà nước, cơ quan Hải quan phải yêu cầu người nhập cảnh kê khai rõ số tiền đó là tiền thanh toán cho hợp đồng mua bán hàng hóa và tờ khai xuất khẩu hàng hóa nào. Người nhập cảnh phải xuất trình hợp đồng mua bán hàng hóa, tờ khai xuất khẩu để cán bộ Hải quan kiểm tra, đối chiếu.

Trường hợp người nhập cảnh không phải đại diện hợp pháp cho tổ chức cá nhân nước ngoài đã ký hợp đồng mua bán hàng hóa với tổ chức, cá nhân Việt Nam thì phải có giấy ủy quyền.