Đó là quy định tại Quyết định số 3949/QĐ-TCHQ ngày 27/11/2013 của Tổng cục Hải quan về việc “Ban hành quy trình thẩm định, công nhận, đánh giá lại, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ và quản lý doanh nghiệp ưu tiên”.

Theo đó, Cục Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) - Tổng cục Hải quan thực hiện việc thẩm định hồ sơ doanh nghiệp ưu tiên. Thời gian thẩm định hồ sơ là 15 ngày làm việc, trường hợp hết 15 ngày làm việc mà Cục KTSTQ chưa nhận được ý kiến đánh giá của cơ quan thuế thì được gia hạn thêm nhưng không quá 15 ngày làm việc. Theo quy định trước đây, thời gian này là 45 ngày.

7 Cục, Vụ thuộc Tổng cục Hải quan gồm: Cục Giám sát quản lý, Cục Thuế xuất nhập khẩu, Ban Quản lý rủi ro, Cục Công nghệ thông tin và thống kê, Thanh tra, Vụ Pháp chế, Cục Điều tra chống buôn lậu tham gia đánh giá sự tuân thủ pháp luật hải quan; điều kiện kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu; đánh giá về điều kiện thực hiện thủ tục hải quan điện tử của doanh nghiệp.

Tổng cục Hải quan cũng sử dụng thông tin từ kết luận kiểm toán để đánh giá hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp.

Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp có trụ sở chính và nơi doanh nghiệp mở tờ khai có báo cáo số liệu về hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, vi phạm (nếu có thì báo cáo rõ số lần, hành vi, mức độ), thông tin về các cuộc kiểm tra đã được tiến hành trước đó và đánh giá về tình hình chấp hành pháp luật của doanh nghiệp tại địa bàn quản lý.

Cục Thuế tỉnh, thành phố (hoặc Chi cục Thuế) nơi quản lý doanh nghiệp đánh giá, xác nhận việc tuân thủ pháp luật về thuế nội địa, việc thực hiện thủ tục thuế điện tử, thực hiện nghĩa vụ nộp các khoản thuế nội địa và việc hợp tác giữa doanh nghiệp và cơ quan quản lý thuế.

Nếu doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện doanh nghiệp ưu tiên theo quy định tại Thông tư 86, Cục KTSTQ trình Lãnh đạo Tổng cục Hải quan có văn bản trả lời doanh nghiệp.

Nếu doanh nghiệp đã đáp ứng các điều kiện doanh nghiệp ưu tiên theo quy định tại Thông tư 86/2013/TT-BTC ngày 27/6/2013 của Bộ Tài chính, Cục KTSTQ có văn bản thông báo cho doanh nghiệp chuẩn bị các thủ tục để thẩm định thực tế và thẩm định mã số hàng hóa.

Việc thẩm định thực tế do Cục KTSTQ trực tiếp thực hiện tại trụ sở doanh nghiệp hoặc phối hợp với Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính thực hiện. Thời gian thẩm định thực tế không quá 15 ngày làm việc. Việc thẩm định đánh giá doanh nghiệp dựa trên nhiều tiêu chí phản ánh “bức tranh toàn cảnh” về doanh nghiệp.

Nếu kết quả thẩm định, doanh nghiệp đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định và được Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan chấp thuận, trong thời gian 05 ngày làm việc, Cục KTSTQ có trách nhiệm phối hợp với doanh nghiệp tiến hành lập bản ghi nhớ (viết tắt là MOU) như quy định tại Điều 13 Thông tư 86.

Tổng cục Hải quan cũng quy định rõ: Chậm nhất trong vòng 60 ngày trước khi hết thời hạn áp dụng chế độ ưu tiên, Tổng cục Hải quan (Cục KTSTQ) có văn bản thông báo để doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị đánh giá lại, gia hạn việc áp dụng chế độ ưu tiên.

Một trong những điểm mới của quy trình này đó là chuyển đổi loại hình doanh nghiệp ưu tiên. Trong quá trình áp dụng chế độ ưu tiên, nếu doanh nghiệp ưu tiên có yêu cầu chuyển đổi loại hình doanh nghiệp ưu tiên theo quy định tại Điều 2 Thông tư 86 và đáp ứng điều kiện về kim ngạch tương ứng quy định tại Điều 6 Thông tư 86 thì gửi đơn về Cục KTSTQ - Tổng cục Hải quan để được xem xét.