Theo đó, tại Điều 16 Nghị định này quy định về thẩm quyền, thủ tục, quyết định ấn định thuế, cụ thể như sau:

Về thẩm quyền ấn định thuế:  Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế; Cục trưởng Cục Thuế; Chi cục trưởng Chi cục Thuế có thẩm quyền ấn định thuế.

Về thủ tục ấn định thuế: Khi ấn định thuế, cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế về việc ấn định thuế và ban hành quyết định ấn định thuế. Quyết định ấn định thuế phải nêu rõ lý do ấn định thuế, căn cứ ấn định thuế, số tiền thuế ấn định, thời hạn nộp tiền thuế.

Trường hợp cơ quan thuế thực hiện ấn định thuế qua kiểm tra thuế, thanh tra thuế thì lý do ấn định thuế, căn cứ ấn định thuế, số tiền thuế ấn định, thời hạn nộp tiền thuế phải được ghi trong biên bản kiểm tra thuế, thanh tra thuế, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế.

Trường hợp người nộp thuế bị ấn định thuế theo quy định thì cơ quan thuế xử phạt vi phạm hành chính và tính tiền chậm nộp tiền thuế theo quy định của pháp luật.

Quyết định ấn định thuế: Khi ấn định thuế cơ quan thuế phải ban hành quyết định ấn định thuế theo Mẫu số 01/AĐT tại Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này, đồng thời gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi ký quyết định ấn định thuế;

Trường hợp người nộp thuế thuộc diện nộp thuế theo thông báo của cơ quan thuế thì cơ quan thuế không phải ban hành quyết định ấn định thuế theo quy định tại khoản này.

Người nộp thuế phải nộp số tiền thuế ấn định theo quyết định xử lý về thuế của cơ quan quản lý thuế. Trường hợp người nộp thuế không đồng ý với số thuế do cơ quan thuế ấn định thì người nộp thuế vẫn phải nộp số thuế đó, đồng thời có quyền yêu cầu cơ quan thuế giải thích hoặc khiếu nại, khởi kiện về việc ấn định thuế.

Cùng với các quy định trên, Nghị định cũng quy định các trường hợp người nộp thuế bị cơ quan thuế ấn định số tiền thuế phải nộp. Cụ thể gồm:

Một là, không đăng ký thuế theo quy định tại Điều 33 Luật Quản lý thuế;

Hai là, không khai thuế hoặc kê khai thuế không đầy đủ, trung thực, chính xác theo quy định tại Điều 42 Luật Quản lý thuế;

Ba là, không nộp bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế hoặc đã bổ sung hồ sơ thuế nhưng không đầy đủ, trung thực, chính xác các căn cứ tính thuế để xác định số thuế phải nộp;

Bốn là, không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác số liệu trên sổ kế toán để xác định nghĩa vụ thuế;

Năm là, không xuất trình sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và các tài liệu cần thiết liên quan đến việc xác định các yếu tố làm căn cứ tính thuế; xác định số tiền thuế phải nộp trong thời hạn quy định hoặc khi đã hết thời hạn kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế;

Sáu là, không chấp hành quyết định kiểm tra thuế trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định, trừ trường hợp được hoãn thời gian kiểm tra theo quy định;

Bảy là, không chấp hành quyết định thanh tra thuế trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày ký quyết định, trừ trường hợp được hoãn thời gian thanh tra theo quy định;

Tám là, mua, bán, trao đổi và hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ không theo giá trị giao dịch thông thường trên thị trường;

Chín là, mua, trao đổi hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn mà hàng hóa, dịch vụ là có thật theo xác định của cơ quan có chức năng điều tra, thanh tra, kiểm tra và đã được kê khai doanh thu, chi phí tính thuế;

Mười là, có dấu hiệu bỏ trốn hoặc phát tán tài sản để không thực hiện nghĩa vụ thuế;

Mười một, thực hiện các giao dịch không đúng với bản chất kinh tế, không đúng thực tế phát sinh nhằm mục đích giảm nghĩa vụ thuế của người nộp thuế;

Mười hai, không tuân thủ quy định về nghĩa vụ kê khai, xác định giá giao dịch liên kết hoặc không cung cấp thông tin theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết.